徐敷奏對(duì)王業(yè)泰感激涕零，對(duì)王業(yè)泰接下來(lái)的動(dòng)作自然全盤(pán)支持。而有了徐敷奏的支持，王業(yè)泰設(shè)立管理機(jī)構(gòu)的舉措再無(wú)任何阻礙。
經(jīng)過(guò)仔細(xì)考慮之后，王業(yè)泰宣布在平遼總兵府下設(shè)立軍械司、庫(kù)大使、典農(nóng)司、海務(wù)司、商務(wù)司等機(jī)構(gòu)職位。
軍械司顧名思義，負(fù)責(zé)全軍一應(yīng)軍械維修管理制造事務(wù)。兵精糧足方能作戰(zhàn)，軍械司的作用不可謂不重要。王業(yè)泰任命陳玉階為軍械司主事，主管全軍軍械事宜。
陳玉階原是工部軍器局大使，正九品的文官，因得罪上司被發(fā)配到了旅順軍中聽(tīng)用，而徐敷奏陳有時(shí)等對(duì)陳玉階這個(gè)犯官也并不重視，在這里陳玉階過(guò)得一直不如意。王業(yè)泰知道陳玉階的身份之后，派人把他找來(lái)聊過(guò)一次，發(fā)現(xiàn)陳玉階對(duì)軍械特別是火器方面的造詣很深，便決定把軍械這一塊交給他，旅順城內(nèi)工匠有一百多，這些工匠統(tǒng)歸軍械司管理，不僅負(fù)責(zé)軍械打制維修，還要負(fù)責(zé)各種民用器具的制作。
庫(kù)大使負(fù)責(zé)管理全軍糧食以及各種物質(zhì)的倉(cāng)庫(kù)，責(zé)任十分重大，經(jīng)過(guò)慎重考慮之后，王業(yè)泰讓心腹管事葛洪兼職庫(kù)大使，負(fù)責(zé)管理全軍一應(yīng)物資。
典農(nóng)司則負(fù)責(zé)農(nóng)事，雖然旅順?biāo)诘倪|南半島山地多平地少，但還是有些地方可以種植些糧食的。旅順孤懸海外，糧食各種物質(zhì)供應(yīng)全靠朝廷，而要想發(fā)展壯大必須有自給自足的能力。遼南半島現(xiàn)在荒無(wú)人煙，原有的土地全部荒蕪，這些土地開(kāi)墾一下還是能產(chǎn)些糧食彌補(bǔ)軍需的。
而旅順城中有好多老弱男丁和青壯婦女，這些人打仗不行，用以種田起碼能夠自己養(yǎng)活自己。經(jīng)過(guò)考慮之后，王業(yè)泰便設(shè)立典農(nóng)司，任命當(dāng)過(guò)里長(zhǎng)的常有田為主事，負(fù)責(zé)帶領(lǐng)部分老弱進(jìn)行耕種，現(xiàn)在已經(jīng)進(jìn)入春天，正好可以開(kāi)墾播種，旅順城外平地雖然不多，但全部開(kāi)墾的話也有幾千畝田地，一年至少能夠產(chǎn)幾千擔(dān)糧食。王業(yè)泰已經(jīng)下令軍械司打制犁鏵鋤頭各種農(nóng)具，并派人往山東購(gòu)買(mǎi)耕牛。
海務(wù)司顧名思義則和大海有關(guān)，旅順三面都是大海，海中的各種資源豐富無(wú)比，海鹽，海魚(yú)，利用好的話光是大海養(yǎng)活數(shù)十萬(wàn)軍民全無(wú)任何問(wèn)題。毛文龍時(shí)的東江軍如此困頓，就是身在寶山而不自知，不知道利用大海的緣故。
海務(wù)司的任務(wù)有兩個(gè)，一是制鹽，再就是打魚(yú)。遼南海岸蜿蜒曲折，可以開(kāi)辟出大量的鹽田。當(dāng)然，對(duì)現(xiàn)在的大明來(lái)說(shuō)，最大的鹽場(chǎng)還是在兩淮，采用的卻多是落后的煮鹽工藝，所以鹽民又稱(chēng)灶戶。旅順既然臨海，為何不能制鹽？采用曬鹽法，只要開(kāi)始挖好鹽田，根本不需要太多人手，年產(chǎn)數(shù)十萬(wàn)斤海鹽還是沒(méi)有問(wèn)題的。至于曬鹽工藝，并不是多復(fù)雜，王業(yè)泰自然知道，而山東沿海也有好些鹽場(chǎng)現(xiàn)在采用曬鹽工藝。
海鹽可以自己食用，多余的可以販賣(mài)換取錢(qián)糧。而大海中除了鹽以外，更是有著無(wú)窮無(wú)盡的魚(yú)類(lèi)資源。渤海是淺海，海中魚(yú)類(lèi)資源豐富無(wú)比，只要有人有船，光是打魚(yú)養(yǎng)活旅順這數(shù)千人便不成問(wèn)題。
在王業(yè)泰的規(guī)劃中，海務(wù)司將會(huì)是總兵府下轄最大一個(gè)部門(mén)，也是總兵府最重要的一個(gè)部門(mén)，而海務(wù)司主事的人選暫時(shí)由葛洪的副手，同樣出身于新建伯府的王慶擔(dān)任。王慶雖然才二十多歲，但卻在伯爵府開(kāi)設(shè)的商鋪中當(dāng)了近十年伙計(jì)并且已經(jīng)出師，能寫(xiě)會(huì)算可塑性很強(qiáng)。其伯爵府家生子的身份，更讓王業(yè)泰用著放心。
而商務(wù)司顧名思義負(fù)責(zé)經(jīng)商事宜，負(fù)責(zé)和各地的商人聯(lián)系，賣(mài)掉旅順的特產(chǎn)，從各地?fù)Q來(lái)各種旅順急缺的物質(zhì)。不過(guò)目前旅順各項(xiàng)事務(wù)還未步上正規(guī)，也不需要什么貿(mào)易，所以商務(wù)司暫時(shí)還在籌劃中，其主事趙直現(xiàn)在作為王慶的副手在海務(wù)司幫忙。
軍械司、庫(kù)大使、典農(nóng)司、海務(wù)司、商務(wù)司這些民事部門(mén)設(shè)立以后，旅順城管理部門(mén)的架子算是搭建了起來(lái)然后便是重中之重的軍隊(duì)設(shè)置了。
旅順軍隊(duì)雖然有七千，卻老弱病殘都有，建制混亂無(wú)比。王業(yè)泰下令，從全軍中挑選精銳組建戰(zhàn)兵營(yíng)。挑選的辦法很簡(jiǎn)單，年齡在十八到三十五歲之間，身體強(qiáng)壯沒(méi)有疾病，身高在五尺（一米六）以上。
經(jīng)過(guò)挑選，七千軍隊(duì)中挑選出了四千五百人符合條件者，這些人全部編入戰(zhàn)兵營(yíng)，剩下的則為輔兵，劃撥到各司從事各種生產(chǎn)事務(wù)。
四千五百戰(zhàn)兵打散之后被編為三營(yíng)，分別由周遇吉、張旭，徐敷奏統(tǒng)率，把總、總旗等中級(jí)軍官則從王業(yè)泰家丁隊(duì)中選派人手充任。
王業(yè)泰和周遇吉徐敷奏張旭等人商議后，制定了一套訓(xùn)練軍隊(duì)的辦法，分練隊(duì)列，練旗鼓，練武技，三合一循環(huán)訓(xùn)練。
練隊(duì)列便是王業(yè)泰來(lái)自后世的軍訓(xùn)知識(shí)，后世的人民軍隊(duì)新兵期訓(xùn)練辦法。立定稍息齊步走左轉(zhuǎn)右轉(zhuǎn)這些看似沒(méi)用，但對(duì)士兵的服從性配合性極為重要，只要能經(jīng)過(guò)這種嚴(yán)格的隊(duì)列訓(xùn)練，便能初步具備一支強(qiáng)軍的素質(zhì)。
然后便是練旗鼓，也就是讓士兵聽(tīng)明白號(hào)令。古代的戰(zhàn)斗，靠的是旗幟鑼鼓進(jìn)行指揮，將領(lǐng)的命令都是通過(guò)旗鼓這樣的方式發(fā)布，士兵們只有識(shí)得旗鼓所代表的意思，在戰(zhàn)場(chǎng)上方能做到配合嫻熟如臂指使。
最后是練習(xí)武技，一個(gè)士兵自然需要具備殺敵的本事才行。長(zhǎng)槍兵需要熟練使用長(zhǎng)槍?zhuān)疸|火炮兵需要熟練火銃火炮的裝填發(fā)射。不管是哪個(gè)兵種，都必須經(jīng)過(guò)長(zhǎng)年累月的訓(xùn)練才能具備強(qiáng)悍的實(shí)力。
這四千五百戰(zhàn)兵是專(zhuān)職作戰(zhàn)的，他們會(huì)完全脫離生產(chǎn)專(zhuān)職訓(xùn)練一途，隊(duì)列旗鼓武技三種訓(xùn)練以每樣訓(xùn)練一個(gè)月，三個(gè)月為周期循環(huán)進(jìn)行。
王業(yè)泰麾下暫設(shè)長(zhǎng)槍兵、火銃兵、火炮兵和盾牌兵四個(gè)兵種。三個(gè)戰(zhàn)兵營(yíng)各有火銃兵三百，長(zhǎng)槍兵五百，盾牌兵二百，兵種設(shè)施齊全。至于火炮兵則單獨(dú)編制成營(yíng)。
王業(yè)泰原本的家丁隊(duì)兩百人是火銃兵，在北京時(shí)又給北京軍械局的工匠們下單制作了五百支火銃，再加上旅順城內(nèi)原有的火銃，加起來(lái)越有一千來(lái)支，能裝備一千火銃手。當(dāng)然這一千火銃手除了王業(yè)泰原先的兩百火銃團(tuán)家丁以外，其他八百火銃兵都是新手，需要進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間的訓(xùn)練才行。
一千火銃兵一營(yíng)三百分配給三個(gè)營(yíng)，還剩下一百老兵則作為王業(yè)泰親衛(wèi)。
王業(yè)泰家丁中有炮手二十余人，旅順的東江軍會(huì)使用火炮有也有二十多個(gè)，加起來(lái)有五十人。炮手少，擁有的火炮也少，除了王業(yè)泰帶來(lái)的五門(mén)虎蹲炮外，剩下的只有一門(mén)佛郎機(jī)、幾門(mén)碗口銃。王業(yè)泰仔細(xì)想過(guò)以后，撥出了三百人組建炮營(yíng)，由原來(lái)的神機(jī)營(yíng)把總楊小磊擔(dān)任炮營(yíng)都司。
王業(yè)泰已經(jīng)給新任登萊巡撫孫元化寫(xiě)信，要求調(diào)撥一百門(mén)火炮來(lái)旅順，據(jù)孫元化回信他已經(jīng)上奏朝廷在登州鑄炮。王業(yè)泰自己也想鑄炮，但旅順這里一窮二白，既沒(méi)有煤鐵資源，又沒(méi)有鑄炮人才，根本無(wú)法進(jìn)行。
火炮短缺，長(zhǎng)槍盾牌卻是充足，經(jīng)過(guò)編制之后，三營(yíng)戰(zhàn)兵除了盔甲不足以外，武器倒是齊全，王業(yè)泰便下令立刻進(jìn)行練兵。