地球危機
人類忽然消失，被外星生物帶走改裝成殺人機器大軍。為救蘇雅，陳明不惜利用人類大軍與舊帝國對抗，后被齊天等人阻止，并一起聯(lián)手救出蘇雅。也給地球帶來滅頂之災，隨后齊天聯(lián)動在阻止陳明時在地球上的其他異能伙伴與舊帝國部分戰(zhàn)力對抗，保護了地球。
太陽系的搶奪
地球危機過后，由于陳明在舊帝國上的先進的科學經驗，使人類科技不斷進步，后使人類逐漸掌管了太陽系。舊帝國的第三toc部隊收到命令，去收復舊帝國星系邊境無人看管的銀河系。在收復太陽系的過程中與人類發(fā)生碰撞，進行了一場太陽系的搶奪。
超級末日計劃
在太陽系的搶奪中，舊帝國在冥王星上發(fā)現(xiàn)了傳說中可以控制黑洞能量的宇宙之心，并放棄了搶奪太陽系，帶著宇宙之心，逃離了太陽系。正在人類感受勝利的喜悅時，來自另一個宇宙文明-同領域文明，也檢測到宇宙之心的能量波動，為了維護宇宙的和平，前往太陽系再次封印宇宙之心。卻不料已經落入一直以來想要統(tǒng)治宇宙的舊帝國的手里。
后與人類聯(lián)盟，前往舊帝國的母星-阿雷斯特星，奪回宇宙之心，保護宇宙的和平，打敗舊帝國文明，并把此次行動稱為“超級末日計劃”。