四月十二日。
太皇太后原本打算采用蘇軾昨日的建議，先以宋哲宗的名義立案審查，然后再寬恕蔡確，然而事情的走向隨著詔令的下發(fā)后發(fā)生了偏差。詔令命安州衙門取來蔡確詩文原稿，同時將官員彈劾蔡確的內容告知于他，允許他上章自辯。此詔令一出，滿朝嘩然。
翌日。
中書舍人彭汝礪上書啟奏，聽聞吳處厚說蔡確作詩涉嫌譏謗，朝廷下旨讓蔡確自辯。詔令一出，議論紛紛。自己夙夜反復思慮，以至于廢忘寢食，實在想不通朝廷這么做是何道理，乞盼朝廷趁著詔令還未走遠，盡快廢除，再行下旨。
緊接著，梁燾、吳安詩、劉安世也相繼多次上書彈劾蔡確，言辭激切，請求朝廷對其嚴懲。
與此同時，安州衙門那邊也傳來了回信，蔡確所作詩，初題在牌上，然后移至鄧州，走了一驛的距離后，安州衙門派人取回牌子，上交公使庫。
而蔡確的自辯奏章也同時被送達汴京，呈送御前。蔡確奏章中寫道：臣在安州作詩涉嫌譏訕，朝廷下詔讓臣啟奏此事。他們說我被貶安州，包蓄怨心，公然肆無忌憚地在詩篇中譏謗，這是臣僚橫加誣陷，欲以激怒朝廷，而不知當時處置的始末，妄加猜測臣在怨恨。
臣前年夏天在安州，所居住的西北角，有一座舊亭，名為車蓋亭，下臨涢溪，上與白兆山相對。臣處理完公事后就在車蓋亭上休息，觀賞此景，偶然詩興大發(fā)，作了數首小詩，沒有一句一字涉及時事，也沒有對貶謫有不滿之意。詩意淺顯，讀一下便可知曉，不料臣僚卻在詩的意思之外多方注釋，橫加誣蔑，說我有隱晦之意。如果真是這樣，那么尋常人開口落筆，雖沒提及某事，都可以用某事來治他的罪，說他有隱晦之意……
蔡確在奏章中將官員彈劾其詩文中的譏諷之意一一辯解，還說古今詩句用海變桑田事的人特別多，就像近些年蘇軾在坤成節(jié)大宴上致語也說“欲采蟠桃歸獻壽，蓬萊清淺半桑田”，祝壽之辭都用這些，為何臣吟詩用此舊事就不是佳句？
數日后。
由于蔡確的奏章提到了蘇軾的詩句引用“桑田”，劉安世、梁燾與同僚又議論起蘇軾當年被李定等人誣蔑譏諷的“海變桑田事”。很快，蘇軾又被人彈劾諸多罪狀，此事傳入蘇軾耳中，他急忙于四月十七日上章自辯，以證清白，并表示如果再有人彈劾自己，請朝廷將彈劾奏章外付施行。
蘇軾隱約感覺到再不走只怕自己也會被卷入車蓋亭一案，急忙帶著全家遠離這個是非之地，前往杭州赴任去了。
由于御史中丞李常和侍御史盛陶不太想參與，結果遭到梁燾、劉安世等人的彈劾。梁燾指責李常、盛陶表面上意圖護佑蔡確，實則是想要治吳處厚的罪，而劉安世則彈劾兩人身為御史，目睹蔡確無禮于君親，卻在觀望，不上書彈劾。
與此同時，中書舍人彭汝礪上書營救蔡確，又遭到了梁燾等人的彈劾。沒多久，吳安詩又彈劾中書舍人曾肇教唆彭汝礪營救蔡確，自己卻不上書，其奸惡程度超過彭汝礪。
數日后。
延和殿。
太皇太后對蔡確之事心力交瘁，召集文彥博、與呂大防、范純仁等三省宰相們一同商議此案，不禁感慨道：“要是司馬君實在，必不至于這樣?！?p> 文彥博等人不知如何接話，只得面面相覷。
隨后幾日，太皇太后又召集范純仁、呂大防、劉摯商議，感慨道：“蔡持正在朝中有很多朋黨??！”
范純仁自從回朝后就一直希望調和各派，聽聞太皇太后如此一說，搶先回應道：“蔡持正沒有朋黨。”
呂大防反駁道：“蔡持正確實有朋黨在朝，范堯夫所言不對。”
劉摯隨聲附和道：“呂微仲所言極是，蔡持正確實有朋黨。”
三人爭執(zhí)不下，太皇太后甚為煩躁，只得隨后再議。
五月。
朝廷下詔龍圖閣直學士、御史中丞李常為兵部尚書，朝奉大夫、侍御史盛陶為太常少卿。蔡確責授左中散大夫、守光祿卿、分司南京。詔令一出，再度引發(fā)朝中熱議。
彭汝礪作為中書舍人拒擬草招，并上書乞求朝廷對其予以寬恕。
梁燾、吳安詩、劉安世認為處罰得太輕了，上書請求朝廷對其予以重判，并指責彭汝礪沒有學術，妄自尊大，誕謾愚人，以邀虛譽，與曾肇一心為惡，時常懷念蔡確的私恩，朝夕盼望其回朝；而曾肇尤其陰險狡詐，借著草擬詔書的權利，用官家的話抒發(fā)愛憎，上侮人主，下結奸臣，欺君賣國，人神共怒，官家卻對此茫然不知。
御史中丞傅堯俞、侍御史朱光庭、右諫議大夫范祖禹等人也跟著相繼彈劾蔡確。至此，諫院、御史臺大多數言官都參與到了車蓋亭一案中，而殿中侍御史翟思、監(jiān)察御史趙挺之以及王彭年因為不想參與，沒有上書彈劾遭到了和之前李常、盛陶一樣的下場。
數日后。
在臺諫官們的不斷彈劾下，朝廷下詔，殿中侍御史翟思任宣州通判，監(jiān)察御史趙挺之任徐州通判，王彭年任廬州通判，而之前已被改任侍御史、太常少卿的盛陶再次被改任汝州知州，已被改任龍圖閣直學士、兵部尚書的李常又被改任鄧州。
詔令一出，尚書左丞王存啟奏道：“臣以為不應責罰盛陶等人，如果因為不諫言就責罰御史，恐怕后來者會不擇而言，只為逃避責罰。
太皇太后道：“臺諫言多諫言有什么害處呢？只要朝廷能明辨是非即可?！?p> 王存只得作罷。
與此同時，在被臺諫官們連續(xù)攻擊下，朝廷下詔，中書舍人彭汝礪改任朝奉郎、徐州知州，中書舍人曾肇本來改任給事中，因其請求離京外任，遂改任寶文閣待制、潁州知州。
車蓋亭一案并沒有因為蔡確被貶而平息，反而越鬧越大，尚書、中書、門下三省、諫院、御史臺等部門全部參與其中。