兩年后，在埃齊奧（Ezio）誕辰28周年之際，騎士隊在塞浦路斯發(fā)現(xiàn)了一個神秘物體。根據(jù)Alta?r手稿的預測，Ezio偽裝成一名安全警衛(wèi)，并在Rodrigo Borgia的包裝上找到了該產(chǎn)品的實際外觀。這是與先知交流的重要項目。后來，埃齊奧（Ezio）和波吉亞（Borgia）進行了戰(zhàn)斗，但其他刺客，馬里奧（Mario），安東尼奧（Antonio），保羅（Paola），特奧多拉（Teodora）和拉瓦爾·拉瓦爾·拉沃爾普（Laval LaVolpe）和巴托洛梅奧（Bartolomeo）共同努力保護蘋果的安全。在人群和NiccolòMachiavelli作證后，Ezio透露了自己的身份，并最終成為兄弟會成員。
事發(fā)后，馬基雅維利（Machiavelli）將Aegio帶到福特城（FordCity）隱藏伊甸園的蘋果，并隱藏伊甸園的蘋果，以便CaterinaSforza可以保護它們。福特市遭到捷克軍隊和Ludovico Orsi兄弟的攻擊，Lucich Vico向Ezio和Machiavellian道歉并道歉，并最終追趕Ezio。他仍然逮捕并殺害了Ludovico，但受了重傷并死亡。
很快，西班牙兄弟刺客路易斯·德·桑坦格爾（Luis de Santangel）依靠并同意向埃齊奧（Ezio）尋求幫助，并保護了克里斯托弗·科倫坡（Christopher Colombo）。免于跨大西洋航行。由圣堂武士間諜結(jié)束。同時，劉易斯告訴埃齊奧，有33，360名托馬斯·阿德·托克瑪達（Thomas Ade Torquemada）在騎士的控制下襲擊了西班牙刺客。為此，埃齊奧（Ezio）前往西班牙營救了多個刺客，并最終確認哥倫布的艦隊已經(jīng)開始了成功的旅程。
問題解決后，埃齊奧返回意大利，繼續(xù)尋找伊甸園的蘋果。 1497年，他返回佛羅倫薩，洛倫佐·德·梅迪奇（Lorenzo de'Medici）在那被薩沃納羅拉（Savonarolla）殺害。她的愛人克里斯蒂娜·維斯普奇（Christina Vespucci）也被薩沃納羅拉（Savonarolla）操縱的流氓謀殺。在馬基雅維利的幫助下，埃齊奧開始計劃在薩沃納羅拉的控制下解放佛羅倫薩。 Savona Lola中尉被暗殺，蘋果回來了。蘋果公司無法控制的人們立即試圖殺死一名死于槍支的和尚，但艾西伸出了一只友善的手，將其放下，然后點燃了火爐。
將蘋果帶到美國后，刺客們在MonteRidgeOni會面，并開始討論長期計劃。隨著我們對阿爾泰手稿的更多了解，刺客成功地用切碎的手稿創(chuàng)建了世界地圖，并在羅馬的蘋果公司找到了一個更加神秘的地方。西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，羅德里戈·波吉亞（Rodrigo Borgia）提前知道了這一步驟，現(xiàn)在有了教皇亞歷山大六世的頭銜。當99位神攻打羅馬時，1499年，埃齊奧（Ezio）隨Sissia教堂來到博爾賈（Borgia）。在最后的戰(zhàn)斗中，博吉亞（Borgia）用教皇的十字架和伊甸園的一部分攻擊了埃齊奧（Ezio），以重新獲得蘋果的力量，但最終蘋果的力量得到了改善，但埃齊奧（Ezio）的勝利并未消亡（埃及的Cio）。博爾吉亞（Borgia）成功地將教皇的十字架與伊甸園（Eden）的蘋果放在一起，并成功地在地下打開了一條隱藏的通道。
埃齊奧感到困惑和陌生，于1500年回到蒙特里久尼，向刺客介紹了羅馬發(fā)生的事。）。 Ezio未完成的工作?？ㄌ亓漳取に垢栐–aterina Sforza）目前正在尋找埃齊奧（Ezio），并希望在蒙特里久尼（Monteriggioni）雇用雇傭軍。他們參加了春節(jié)，但是早晨又恢復了他們的夢想。羅德里戈·波吉亞（Rodrigo Borgia）將兒子塞薩爾（Cesar）送到埃吉（Egi）。這是您的帳戶。該市的埃齊奧（Ezio）和雇傭軍奮力逃離居民，但悲劇爆發(fā)了，瑪麗莎（Marissa）被切薩雷（Cesare）殺死，埃齊奧（Ezio）被槍殺。受傷的卡特里娜颶風被捕，最重要的蘋果被移除。