劉毅和劉裕、何無忌一起舉事的，何無忌剿匪殉職了。劉裕征討南燕立了大功，本來是應(yīng)該彈冠相慶的好事，可是在劉毅心里掀起了不小的波瀾。因為在劉裕帶領(lǐng)將士沖鋒陷陣的時候，自己在后方負(fù)責(zé)守備，沒有建樹。
所以當(dāng)他聽說，盧循、徐道覆叛亂時，不顧身體欠安，堅決引兵出戰(zhàn)。劉裕知道他立功心切，就寫信給他說：“我先前曾與逆賊交戰(zhàn)，熟悉他們的戰(zhàn)法?，F(xiàn)在戰(zhàn)船修造即將完畢，我馬上就能去清剿。戰(zhàn)爭結(jié)束后，他們的現(xiàn)有地盤都交于你管理?！?p> 盡管寫了信，劉裕還是不放心，又派他的堂弟劉藩前往，勸說劉毅千萬別去南征。劉毅知道劉藩的來意后大發(fā)雷霆，對劉藩說：“我不過是因為他立了點功，就讓著他點罷了，你就以為我真的比不上他嗎？！”說完將劉裕的來信扔到了地上。
出兵的結(jié)果，令人大跌眼鏡。劉毅不僅沒有立下一寸之功，反而損失了兩萬精兵及無數(shù)淄重。
劉毅逃走后，進入蠻荒之地，所帶領(lǐng)的人馬不是餓死就是累死，最后活下來的僅十之二三。由于參軍羊邃竭力救護，劉毅才幸免于難。
事后，劉裕沒有依律處罰劉毅，而是安慰勉勵他，幫助恢復(fù)其官職。劉毅則以戰(zhàn)敗喪師為由，請求解除職務(wù)，最后朝廷把他降為后將軍。
這次慘敗，劉毅顏面掃地，心灰意冷，從此再無從戰(zhàn)功上出人頭地的想法。但他是個不服輸?shù)娜恕：蛣⒃Ｏ啾?，他自視文韜武略俱佳，他不甘心屈居劉裕之下，受人擺布。
不久劉毅轉(zhuǎn)任江州都督。一到任就上奏章，長篇大論，滔滔不絕。大概是說，由于戰(zhàn)爭，江州男子多半都死了，家家孤兒寡母生活艱難，有的干脆拋家舍業(yè)流亡他鄉(xiāng)。在這種情況下，還實行軍政一體化管理，非常不合適，尤其是軍事機構(gòu)冗員太多，耗費了大量的民脂民膏。
為此，劉毅鄭重建議：將江州的軍事機構(gòu)轉(zhuǎn)移到豫章。然而，他話鋒一轉(zhuǎn)，潯陽與蠻人為鄰，應(yīng)調(diào)江州軍府一千士卒協(xié)助戍守。朝廷準(zhǔn)奏。于是劉毅移鎮(zhèn)到豫章，派其親信趙恢率領(lǐng)一千士兵守潯陽。
412年四月，劉毅改任荊州刺史。他到了江陵，竟擅自選取江州士卒及豫州西府文武將佐共一萬余人供自己驅(qū)譴，又以自己身體有疾病為由，請求派自己的堂弟劉藩為佐官，順帶照料自己。
對于劉毅的一舉一動，宰相劉裕都看在眼里，他一言不發(fā)，靜觀其變。劉毅在江陵私自調(diào)動軍隊的舉動突破了劉裕忍耐的極限，他終于看清了其華麗辭藻下包藏著的是一顆欺君罔上、禍國殃民的心。
劉裕果斷上書，奏報朝廷說：“劉毅桑落洲攻打盧循一疫全軍覆沒，本該明正典刑處決示眾。繼續(xù)主張重用他，是希望他能感恩戴德，改過自新。但是劉毅欺上凌下，放縱無度。江州不歸他統(tǒng)轄，而他竟擅自調(diào)動部眾，帶走全部軍資。豫州文武將佐也私自強行留用，膽大妄為，目無朝廷。還與其堂弟劉藩遙相呼應(yīng)，與尚書左仆射謝混私下勾結(jié)，圖謀不軌，是可忍，孰不可忍！”于是朝廷先行誅殺了劉藩、謝混，然后派劉裕率領(lǐng)部眾討伐劉毅。
劉裕命王鎮(zhèn)惡等率兵進至豫章口，在江津燒毀舟船，斷了劉毅逃跑的后路，然后一路打著劉藩的旗號行進。
劉毅的部下朱顯之發(fā)覺情況不對，望見江津方向煙火沖天，船艦被燒，便躍馬急馳回報劉毅，急令關(guān)閉各城門。
但王鎮(zhèn)惡已突進江陵城，士兵也攀城而入，又打開了城門。
劉毅在金城內(nèi)共有三千余兵馬，兩支人馬開始廝殺起來，從上午十點混戰(zhàn)至下午四點，直打得是天昏地暗，人仰馬翻。最后劉毅的軍隊死的死傷的傷，其余的知道劉裕要來，都潰散和投降了。
王鎮(zhèn)惡遣人送詔書和赦文以及劉裕的手書給劉毅，劉毅看都沒看，拿來一把火燒了。然后繼續(xù)指揮屬下負(fù)隅頑抗。
天色已晚，為避免誤傷，王鎮(zhèn)惡把軍隊撤出來，然后把金城團團圍住，只留出南面一個出口。劉毅恐南面有埋伏，于是三更時乘夜率三百余人由北門突圍，沒有成功。于是回攻城東門，終于倉皇逃出江陵。
在伸手不見五指的黑夜，劉毅快馬加鞭跑了二十里路，看看離江陵已遠又無無追兵，他才停下來緩口氣。
前面是一座寺院，燈火通明，劉毅拉著馬上前叩門。
開門的是一位小和尚，他雙手一合問道：“施主何事？”
劉毅蓬頭垢面，渾身是血，作揖道：“想留宿一晚，不知能否可行？”
小和尚回答說：“幾年前，我寺僧人昌發(fā)慈悲，留宿了逃跑中的桓蔚。后來被劉毅發(fā)現(xiàn)，因為窩藏罪犯劉毅將軍把昌殺死了。此后我寺再沒人敢留宿客人了。私主請便吧?！闭f著關(guān)上了門。
不知是不是受了寺院的靜穆氣氛的感染，劉毅這次沒有發(fā)作，他無力地放下自己準(zhǔn)備再一次敲門的手。
回想自己這一輩子，曾經(jīng)殺死了多少人，這其中又有多少人其實是可以不死的，都是因為自己的貪念、嗔怒，而丟掉了性命。
他想不清楚自己為啥總跟劉裕較勁，是劉裕不好嗎？好像不是。是劉裕和自己有仇嗎？好像更不是。為什么在舉事之初，兩人能同生共死親如兄弟，到都熬到高官厚祿了，反倒水火不容？為什么自己要私自調(diào)動軍隊，真的是想兵變嗎？難道自己不知道打仗劉裕要強自己許多嗎？
他從沒這么清醒地反思過自己的對錯，自作孽不可活。如今自己真的身敗名裂了，還有何顏面茍活于世？
想到這里，他拿馬的韁繩打了個結(jié)，套在了自己的脖子上，然后掛在了樹枝上。
劉毅自縊身亡的消息不脛而走，負(fù)責(zé)緝拿劉毅的官兵按照律令將劉毅斬首示眾，連一家老小也不能幸免。