無奈
之后水門與二代火影使用飛雷神互瞬回旋術(shù)配合灼遁·光輪疾風(fēng)漆黑矢零式擊中帶土，但被帶土使用陰陽遁將其無效化。而后，水門因?qū)了f的相當(dāng)于忍者始祖的力量感到不解而詢問二代火影大人，二代火影憑借自己生前的戰(zhàn)斗經(jīng)驗(yàn)冷靜的分析出帶土的能力是以陰陽遁為基礎(chǔ)的術(shù)，能夠?qū)⑺腥绦g(shù)無效，也就是說即使是穢土轉(zhuǎn)生的身體，只要中招，也會因?yàn)闊o法轉(zhuǎn)生而死亡。并告誡水門不能再受傷了，水門也因此變得更加謹(jǐn)慎的戰(zhàn)斗。
接著第二代火影與鳴人察覺到了帶土不能化解仙術(shù)的弱點(diǎn)，之后第二代火影以飛雷神之術(shù)配合鳴人的仙術(shù)螺旋丸瞬間移動至帶土的身后對其造成傷害。望著空中的鳴人，水門對鳴人連自來也老師的仙術(shù)都學(xué)會了表示感嘆。緊接著帶土在地面上制造出神樹并同時釋放出四顆尾獸玉，第二代火影原本打算與水門使用飛雷神術(shù)一人轉(zhuǎn)走一個，但因考慮到即使轉(zhuǎn)走了兩個，但剩余兩個尾獸玉卻無法轉(zhuǎn)移的問題而嘗試別的辦法，初代火影告訴大家不用擔(dān)心，只要改變尾獸玉的運(yùn)行軌道就可以，到時候四位火影會想辦法把它們打到海上，并拜托大家制造土遁之壁，自己用樹界降誕將尾獸玉引導(dǎo)向大海，然而柱間的想法立即被帶土徹底打消，帶土使用六赤陽陣封將忍者聯(lián)軍封鎖在結(jié)界里，之后二代火影意識到只能用飛雷神術(shù)把尾獸玉轉(zhuǎn)移到結(jié)界外部去了，隨后二代火影詢問水門能否同時轉(zhuǎn)移兩個，然而四代火影的飛雷神在無法標(biāo)記的情況下，一個已經(jīng)是極限，所以水門嘗試別的辦法。
隨后水門打算將尾獸玉連同樹一起轉(zhuǎn)移到結(jié)界外部去，然而這一想法卻被帶土嘲笑，在緊要關(guān)頭，鳴人提出了一個主意，水門與鳴人碰拳使自己的查克拉與鳴人的查克拉進(jìn)行接觸，從而使自己的查克拉與鳴人留在忍者聯(lián)軍神樹的查克拉連接了起來，因?yàn)槿陶呗?lián)軍身上附有鳴人和九喇嘛的查克拉，所以使水門成功將忍者聯(lián)軍所有人轉(zhuǎn)移到了結(jié)界外部，隨后第二代火影也詳細(xì)解說了這是利用了影分身的原理，即便自身的查克拉分散四處，只要有哪怕微量的查克拉殘余，當(dāng)本體為控制查克拉再次開始凝練時，分散的查克拉便會產(chǎn)生共鳴而聯(lián)動。
緊接著水門與鳴人開啟九尾尾獸化，在第二代火影使用飛雷神術(shù)的幫助下，瞬間轉(zhuǎn)移至帶土的身后，使用螺旋丸成功擊中帶土，但被帶土使用陰陽遁抵擋。因此與帶土打了平手。此時的帶土已經(jīng)發(fā)動無限月讀，神樹的根莖瘋狂地生長亂竄，所到之處忍者聯(lián)軍的查克拉都被吸走，由于神樹分裂體的樹藤消耗了水門太多的查克拉，因此使水門無法拯救鳴人，只能眼看著鳴人即將被神樹分裂體的樹藤吸盡查克拉。隨后水門通過第二代火影的飛雷神術(shù)來到忍者聯(lián)軍的戰(zhàn)場。
為了能夠打敗帶土，他將自己的陰性九尾查克拉模式的部分力量傳輸給鳴人。水門為了拯救鳴人的性命打算將自身的陰九尾查克拉傳輸給鳴人，卻在傳輸?shù)耐局斜缓诮^將陰性九尾查克拉吸收，隨后，水門使用螺旋丸轟炸黑絕，但黑絕卻通過浮游術(shù)鉆在地底下。緊接著斑也到達(dá)現(xiàn)場。為了取回輪回眼，斑開始再次勸誘帶土，此時波風(fēng)水門進(jìn)入仙人模式企圖使用螺旋丸向斑發(fā)起攻擊，卡卡西和我愛羅也同時展開行動阻止帶土走向斑，斑無視水門的突襲使用六道權(quán)杖瞬間打斷了水門的手臂，并且無法恢復(fù)。隨后斑將水門與螺旋丸踢向我愛羅與卡卡西，因此，三人的攻擊被斑瞬間化解，卡卡西和我愛羅也因此被打飛。
失去雙臂的水門難以再戰(zhàn)，不過仍然在一旁支援邁特凱的戰(zhàn)斗，在李投出三叉式苦無的瞬間，水門以飛雷神術(shù)舍身替阿凱轉(zhuǎn)移斑的陰陽遁術(shù)攻擊，以使阿凱的攻擊奏效。當(dāng)斑施展無限月讀之際，水門對突然發(fā)生的異變感到驚訝；而后，水門為了保護(hù)鳴人而與其他三位火影一同趕往鳴人所在的地方。為弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用穢土轉(zhuǎn)生，以此逼問斑當(dāng)前的戰(zhàn)況，但因活祭品的問題而被初代火影否定，隨后四位火影嘗試別的辦法，當(dāng)柱間觸摸到失敗的斑的下半身時，六道仙人留下的查克拉出現(xiàn)，四位火影見到了六道仙人。在大筒木輝夜被封印后，與六道仙人以及其他16位已逝去的五影們共同使出通靈之術(shù)，將第七班、九只尾獸以及瀕死狀態(tài)的宇智波斑從始球空間轉(zhuǎn)移回忍者世界。
在六道仙人解除穢土轉(zhuǎn)生之際，鳴人連忙趕到水門的面前，水門微笑著向鳴人祝賀“生日快樂”，鳴人流淚著向水門說出了之前沒能說出的各種話語，并希望水門能將這些話語傳達(dá)給母親。水門說“我一定會傳達(dá)給她的”，之后水門的靈魂回歸凈土。
而即將成為火影候補(bǔ)的卡卡西與宇智波帶土、野原琳為木葉隱村忍者學(xué)校的同期學(xué)員。被分配到波風(fēng)水門所帶領(lǐng)的班級。在卡卡西年僅12歲，即剛剛成為上忍之時，波風(fēng)水門帶隊(duì)去神無毗橋執(zhí)行的一次任務(wù)，水門班和第七班則剛好相反，來自宇智波一族的帶土并不是隊(duì)中的精英，而是個性格比較膽小、很愛哭的家伙，故常被卡卡西嘲笑為愛哭鬼。因此最開始宇智波帶土和卡卡西雖在同一隊(duì)，但彼此的性格也不是非常合得來。帶土在整篇中雖然比較膽小，但對同伴很重視，他得知琳被敵人抓走后立即要求卡卡西一同放棄任務(wù)也要先救伙伴。
后來帶土了解到：卡卡西的父親旗木朔茂是一位了不起的偉大忍者，但在一次執(zhí)行任務(wù)中，為救同伴選擇了放棄任務(wù)，結(jié)果給村里帶來了巨大的損失，他的父親受村人仇視，就連所救的伙伴也反過來指責(zé)他，木葉白牙最后自殺身亡。少年時期卡卡西親眼目睹其父含恨而終，從此以后，卡卡西性格變得冷漠，并且堅(jiān)持認(rèn)為，身為忍者，不能被感情所影響，有時候?yàn)榱送瓿扇蝿?wù)，同伴的犧牲也無法避免。
由于琳在任務(wù)中被巖忍們抓走，帶土要求立即先拯救琳，但是如果這樣的話任務(wù)很可能會面臨失敗，自己將會重蹈覆轍，卡卡西毅然決定先執(zhí)行任務(wù)，后解救琳，并且還說感情這種東西只是執(zhí)行任務(wù)的絆腳石，面對卡卡西的這種冷漠，帶土非常氣憤，臨走前他對卡卡西說“違反忍者規(guī)定的人，我們稱之為廢物?？墒?，不懂得重視同伴的人，連廢物都不如！”并補(bǔ)充說道：“木葉白牙才是真正的英雄！”卡卡西表面若無其事，但內(nèi)心已有所動搖，最終下定決心，先救同伴，趕來的卡卡西為了救帶土而被巖忍大石砍傷左眼。在他們成功救回琳返回的過程中，卡卡西被左方來的碎石擊中并倒在地上，帶土看見，立刻趕回來救卡卡西，自己卻被壓在巨石下，右半身被壓碎。臨終前帶土讓琳用醫(yī)療忍術(shù)將自己剛剛覺醒的寫輪眼，連眼軸一起移植到卡卡西受傷的左眼處，并對卡卡西說：他希望自己能成為卡卡西的左眼，幫助他看清未來。而卡卡西每天遲到幾個小時的理由也是因?yàn)槿ノ快`碑前看望帶土。神無毗橋之戰(zhàn)，這一天，木葉產(chǎn)生了兩名擁有寫輪眼的英雄，其中一人的名字被刻在了慰靈碑上，另一個就是在忍界赫赫有名的“復(fù)制忍者卡卡西”。在神無毗橋之戰(zhàn)結(jié)束后不久，卡卡西和琳就遭遇到霧忍的襲擊，當(dāng)時體內(nèi)已經(jīng)被霧忍們植入三尾的琳為了保護(hù)木葉不受三尾的襲擊而沖向卡卡西的雷切自殺?？ㄎ鲃t由于先后失去帶土和琳這兩位同伴而大受打擊，身體和精神都受到連續(xù)不斷的噩夢折磨。身為卡卡西曾經(jīng)老師的波風(fēng)水門為了讓卡卡西擺脫這種狀態(tài)而請求他加入暗部，卡卡西也自此開始了他的暗部生涯。
一進(jìn)入暗部的卡卡西被水門安排看護(hù)正在妊娠期的漩渦玖辛奈，卡卡西輕輕松松完成了任務(wù)。直到漩渦鳴人出生，水門為保護(hù)村子而犧牲為止。水門死后第三代火影重新?lián)瘟嘶鹩耙宦?，而志村團(tuán)藏為了奪取村子的控制權(quán)利用了卡卡西心中的黑暗，誹謗三代火影?？ㄎ飨萑肓死Ь?，然而卡卡西跟三代火影的談話消除了心中的疑惑。志村團(tuán)藏打算在三代火影前往火之國首都接受任命的途中將其殺死，卡卡西中途背叛了團(tuán)藏使三代得以幸存。三代火影出于大局考慮赦免了團(tuán)藏的過錯。在前幾次的行動中卡卡西發(fā)現(xiàn)了團(tuán)藏直屬暗部-根中存在會使用木遁的忍者，年齡符合之前木葉失蹤的一批兒童。在卡卡西潛入火影辦公室查閱資料時被三代火影發(fā)現(xiàn)，三代對卡卡西講述了這一切的來龍去脈，并告訴卡卡西切勿輕舉妄動。經(jīng)過一連串的事件以后，大蛇丸的人體實(shí)驗(yàn)暴露，但是面對曾經(jīng)自己最優(yōu)秀的學(xué)生，三代火影無法痛下殺手，讓大蛇丸逃脫，但廢了大蛇丸的雙手。第三代指示暗部一定要將大蛇丸帶回木葉，一旦大蛇丸叛逃敵國將會對木葉造成巨大的損失，卡卡西受命前往尋找大蛇丸。與此同時團(tuán)藏表面上與第三代火影“合作”，實(shí)則為了幫助大蛇丸逃脫木葉的追殺，于是團(tuán)藏派出了“甲”前往秘密據(jù)點(diǎn)?？ㄎ髡`闖秘密據(jù)點(diǎn)被據(jù)點(diǎn)的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，當(dāng)卡卡西再度回到據(jù)點(diǎn)時，秘密據(jù)點(diǎn)的人已經(jīng)全部被大蛇丸殺死，自己跟大蛇丸展開了戰(zhàn)斗。大蛇丸自知再打下去對自己不利便撤退了，卡卡西對甲和據(jù)點(diǎn)唯一幸存的人說“我從來沒有來到過這里，也沒有見到任何人，更沒有發(fā)現(xiàn)大蛇丸”，便離開了他們。志村團(tuán)藏的右眼是寫輪眼，由于多次使用已經(jīng)漸漸失明，而宇智波一族擁有寫輪眼的成員又很難下手，故團(tuán)藏決定奪取卡卡西的寫輪眼。之后團(tuán)藏假借任務(wù)為由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密據(jù)點(diǎn)。甲對卡卡西露出殺意時被卡卡西察覺并敗在卡卡西的手下，經(jīng)過與卡卡西的一番對話之后甲消除了對卡卡西的疑惑。這時據(jù)點(diǎn)內(nèi)白磷大蛇復(fù)活，卡卡西拼命保護(hù)甲，最后失去了知覺，但甲并沒有奪取卡卡西的寫輪眼而是背叛了團(tuán)藏。最后卡卡西會見三代火影，將甲從根調(diào)離而分配到了暗部卡卡西所在的一組，甲恢復(fù)了原名天藏。
卡卡西的組缺少人手，于是宇智波鼬便加入了卡卡西所在的一組，起初年紀(jì)比較小的鼬不被他人留意，反而招來了冷嘲熱諷，但不久之后鼬的能力展現(xiàn)了出來令所有人驚奇并由衷的佩服，直到宇智波叛亂鼬出走木葉結(jié)束?？ㄎ髡f過鼬加入了這么長時間自己卻對他還是一無所知。由于邁特凱等人在和卡卡西一同執(zhí)行任務(wù)時親眼目睹了卡卡西冷血的眼神，便連同同期忍者請求三代火影解放卡卡西讓其成為擔(dān)當(dāng)上忍收徒，希望通過收徒改變卡卡西心中的黑暗，第三代火影同意了這個請求。在成為擔(dān)當(dāng)上忍以后卡卡西立志不允許讓不懂得珍惜同伴的人成為忍者，果然他所在的組通過率為0，卡卡西也在捫心自問如果當(dāng)時波風(fēng)水門發(fā)現(xiàn)自己根本沒有團(tuán)隊(duì)意識的話會如何。同時懷疑自己的要求是不是太苛刻了。第三代火影跟卡卡西談話，再一次消除了卡卡西心中的疑慮，而曾經(jīng)教過的學(xué)生們并沒有恨他反而很感謝他當(dāng)初的做法，更加堅(jiān)定了卡卡西的信念。