朱元璋統(tǒng)一全國之后，創(chuàng)立了一套新的軍事制度，即都司衛(wèi)所制度。
都司即都指揮使司，是明王朝設立在各省的省級最高軍事領(lǐng)導機關(guān)。其同管理民事的布政使司，管理刑事的按察使司，合稱三司。衛(wèi)和所則是隸屬于都指揮使司的下一級地方軍事機構(gòu)。
洪武初年，中央設大都督府，做為全國的最高軍事機關(guān)，統(tǒng)領(lǐng)全國各都指揮使司。洪武十三年（公元1380年）分大都督府為中、左、右、前、后五軍都督府。
《明史·兵志》載：洪武二十六年（公元1393年）定天下都司衛(wèi)所，共計都司十有七，留守司一，內(nèi)外衛(wèi)二百二十九，守御千戶所六十五。及成祖在位二十余年，多所增改，其后措置不一。
根據(jù)都司衛(wèi)所制度的確立，明王前廢掉了襲用元朝舊制而設的樞密、平章、元帥、總管、萬戶等軍職官號，根據(jù)所統(tǒng)兵數(shù)額另置官稱。
都指揮使司，設都指揮使等官。每個都司所轄衛(wèi)所無定例，大體上以五千六百人為一衛(wèi)，設指揮使等官。每衛(wèi)管轄五個千戶所，以一千一百二十人為一千戶所，設千戶等官。每千戶所管轄十個百戶所，以一百一十二人為一個百戶所，設百戶等官。每百戶所又管轄兩個總旗，設總旗官。每總旗及設五小旗。
明朝衛(wèi)所軍士的來源，基本上有四個途徑。據(jù)《明史·兵志》載：衛(wèi)所取兵有從征、有歸附、有謫發(fā)。從征軍，即原來的農(nóng)民起義軍及反元群雄各部的戰(zhàn)士。歸附軍，即投降的元軍部隊。謫發(fā)軍，即因犯罪而被罰充軍役的官吏和軍民。謫發(fā)軍亦稱為恩軍或長生軍。除上述三種外，第四類是垛集軍，即由全國各地征平民所充之軍，這是衛(wèi)所軍士的主要來源。平民一被征為軍士，便世世代代為軍籍，不得交易。明朝的民籍和軍籍有嚴格的區(qū)分，軍籍又稱為軍戶。
全國軍戶，均由五軍都督府直接管轄，而不受地方行政長官的約束。所有軍戶皆為世襲。每個軍戶的在衛(wèi)軍士，其主要任務是在固定的衛(wèi)所充當額軍，被稱為正丁。正丁子弟為次丁或余丁，正丁死亡，要由該軍尸的次丁、余丁依次遞補。若本戶絕嗣，則要由同族人遞補。
五軍都督府雖是全國最高軍事機關(guān)，但只負責各都司衛(wèi)所軍隊的管理和訓練。軍隊的調(diào)遣，軍官的任免則權(quán)屬兵部。國家遇有戰(zhàn)爭，由兵部秉承皇帝旨意，委派都督府官，或公、侯、伯出任總兵官。朝廷發(fā)給其印信，支結(jié)軍隊；戰(zhàn)事結(jié)束后，將帥回朝復命，軍隊則各回衛(wèi)所。明王朝這種分割將帥權(quán)力的軍事制度，旨在避免將帥擅兵自立，危害朱氏中央政權(quán)。
明初，戰(zhàn)爭較為頻繁的北部邊地，朝廷派來的總兵官漸漸地變成了總領(lǐng)一方軍務的固定官職，這時期的總兵官被稱為鎮(zhèn)守。鎮(zhèn)守以下，獨守一路的稱為分守。獨守一城一堡的稱為守備。與主將同守一路的稱為協(xié)守。總兵官又分正、副。下設參將、游擊將軍等官?？偙偈怯沙⑴沙龅模仍贾笓]使司等地方長官，位高權(quán)大，所以后來都指揮使司漸漸變?yōu)榭偙俚南聦倭恕?p> 總兵官成為鎮(zhèn)守地方的最高軍事長官之后，再有戰(zhàn)爭時，朝廷又要往下派員，稱為巡撫。后來巡撫亦成定職，長駐地方。巡撫多以都御史或副僉都御史充任，因其要提管軍務，所以又加提督軍務，或贊理軍務，參贊軍務名義。這樣一來，不僅原來的都指揮使司，布政使司、按察使司要受其節(jié)制，就連總兵官亦要聽其指揮。
正統(tǒng)以后，北方局勢日趨緊張，戰(zhàn)爭此起彼伏。當時修筑長城，或調(diào)兵遣將多涉及幾個鎮(zhèn)。為調(diào)節(jié)、轄制各鎮(zhèn)，以利統(tǒng)一作戰(zhàn)，朝廷開始派重臣出任總督或總制、總理之職。這樣總督便又成為地方最高的軍政長官。到了明朝末期，朝廷又于總督之上，派兵部尚書出任經(jīng)略，派大學士出來督師。
明朝的衛(wèi)所軍又稱屯軍。都司衛(wèi)所制度建立之后，糧餉的問題，便成了首要問題。一律由內(nèi)地調(diào)運，既加重了內(nèi)地的負擔，且距離遙遠，運輸十分不便。為了解決這一問題，由洪武二十六年（公元1393年）明廷制定了軍士屯田則例。明確規(guī)定：邊地衛(wèi)所軍，以三分守城，七分開屯耕種；內(nèi)地衛(wèi)所軍，以二分守城，八分開屯耕種。每個軍士受田五十畝為一份，發(fā)給耕牛、農(nóng)具、糧種等，三年后交納稅賦，每畝一斗。建文四年（公元1402年）定科則，軍士一份屯田，征糧十二石。所征之糧貯于屯倉，由本軍自行支配，余糧為本衛(wèi)官軍俸糧。
這樣明王朝早期，養(yǎng)兵一百五十余萬，餉糧和軍需基本上全由軍屯收入所支給。衛(wèi)所軍士糧餉按月由屯糧支放，稱為月糧。
據(jù)《明史·食貨志》載：洪武時規(guī)定，在京在外，各衛(wèi)馬軍月支米二石，步軍總旗一石五斗，小旗一石二斗，軍一石。守城者如數(shù)發(fā)給，屯田者半之。因罪而被發(fā)配充軍者每四口以上給一石，三口以下給六斗，無家口者給四斗。
英宗正統(tǒng)之后，衛(wèi)所制度逐漸衰敗，各級朝廷命官占奪屯田，任意役使衛(wèi)所軍士，很多軍士甚至被迫為權(quán)貴種地，淪為佃戶。軍士們病無醫(yī)藥，死無棺斂，致使軍士逃亡量越來越大，而軍官則引以為利，以貪污缺額月糧。這種現(xiàn)象到明嘉靖以后已十分嚴重。如《荊州外集》所載，唐順之在復勘薊鎮(zhèn)邊務之后，給皇帝的奏疏中記道：“從黃花鎮(zhèn)起至居庸關(guān)，盡鎮(zhèn)邊城而止，凡為區(qū)者三，查得原額兵共二萬三千二十五名，逃亡一萬零一百九十五名。”居庸關(guān)一線，是被視為決定朝廷命運的軍事重鎮(zhèn)，此處尚且如此，其余的地方軍隊渙散情況，就更嚴重了。在這種情況下，全國衛(wèi)所戰(zhàn)斗力已弱不經(jīng)戰(zhàn)，軍屯制度也徹底崩潰了。
英宗正統(tǒng)末年，衛(wèi)所軍戰(zhàn)斗力日趨削弱，募兵制度開始出現(xiàn)。募兵同衛(wèi)所軍不同，是朝廷為應付戰(zhàn)爭，在老百姓中召募成軍的。募兵仍為民籍，入伍后一切糧餉、軍需全靠國家發(fā)放。國家反過來又把這筆巨大的軍費開支通過加派、加賦等科索聚斂的手段，轉(zhuǎn)嫁到農(nóng)民身上。隨著募兵數(shù)量的不斷增多，農(nóng)民所承擔的賦稅徭役就越來越重。
這樣一來，階級矛盾和民族矛盾就勢必日益尖銳起來，而明王朝為鎮(zhèn)壓越來越強烈的階級反抗和民族反抗，就必須增加募兵。這是明王朝走向滅亡的因素之一。