不思議花園，妙蛙種子進(jìn)化妙蛙草
小智一行人繼續(xù)旅行著，途經(jīng)了小次郎的家，見證了小次郎和他的未婚妻魯美嘉之間的恩怨情仇。
這天，小智收到了大木博士的電文，給大木博士打了個(gè)電話，電話里，大木博士因小智收服了化石寶可夢(mèng)對(duì)小智說(shuō)了一堆廢話，并且告訴小智，大傻谷已經(jīng)由于化石寶可夢(mèng)的出現(xiàn)，被聯(lián)盟重視起來(lái)了，未經(jīng)允許不能通行。而后又和喵喵聊了一會(huì)兒，據(jù)喵喵報(bào)告，小智收服的那些化石寶可夢(mèng)們把大木博士嚇了一跳，最后還是喵喵制作了一個(gè)機(jī)器人，這才制服了化石寶可夢(mèng)們。
幾天后的路上，波克比也在小霞的期待中誕生了，小霞開心地抱著波克比說(shuō)道：“好可愛??！波克比，你好?。 辈吮雀吲d地叫著“jiaoduigvli！”小霞也收服了波克比，將寶石海星傳送到華藍(lán)道館去了。波克比出生后，皮卡丘就化身為了保姆皮，基本上為波克比操碎了心。
這天，小智一行人碰到了一個(gè)背著登山包的大叔，要求進(jìn)行一場(chǎng)寶可夢(mèng)對(duì)決，小智自然是來(lái)著不拒當(dāng)場(chǎng)派出妙蛙種子，大叔的寶可夢(mèng)是一只獨(dú)角犀牛，經(jīng)過(guò)一場(chǎng)戰(zhàn)斗后，小智的妙蛙種子快要進(jìn)化了，痛苦地呻吟著，小智見狀，二話不說(shuō)，抱起妙蛙種子就朝寶可夢(mèng)中心跑去，小霞和小剛也立刻追上去。
到達(dá)寶可夢(mèng)中心后，時(shí)間已是傍晚。喬伊小姐經(jīng)過(guò)一番檢查后對(duì)小智說(shuō)：“你的妙蛙種子沒事，只是開始出現(xiàn)進(jìn)化的征兆罷了?！?p> 小智聽完，說(shuō)道：“它沒事就好?！毙≈瞧鋵?shí)害怕自己的妙蛙種子不想進(jìn)化，并沒有很興奮，小智很顧及自己的寶可夢(mèng)們的想法，它們是自己的伙伴，小智尊重它們的決定，雖然小智有時(shí)候會(huì)給寶可夢(mèng)們提些建議，如果寶可夢(mèng)們不樂(lè)意，小智是不會(huì)去強(qiáng)求的。
然后喬伊小姐就和小智一行人聊起了天。介紹了有關(guān)妙蛙種子進(jìn)化的傳說(shuō)：原來(lái)到了某個(gè)時(shí)期，妙蛙種子們就會(huì)從各處涌來(lái)，聚集在一塊，舉辦進(jìn)化的慶典。
小剛聽到后感慨地說(shuō)道：“看來(lái)我們即將迎接重要的時(shí)刻呢?！毙∠歼@時(shí)突然問(wèn)道：“進(jìn)化是在哪里發(fā)生的？”看來(lái)很想知道進(jìn)化的場(chǎng)地，畢竟這是一大奇跡啊。喬伊小姐笑著解釋道：“在被稱為不思議花園的地方哦。”小剛對(duì)這個(gè)地方感興趣。喬伊小姐繼續(xù)說(shuō)：“可到現(xiàn)在為止還沒有人見過(guò)那個(gè)地方，所以被人們認(rèn)為是幻影呢?！毙≈莿t非常肯定地說(shuō)道：“我相信不思議花園一定在某個(gè)地方?！?p> 夜晚，小智一行人吃過(guò)晚飯，小霞和小剛開始休息，小智擔(dān)心妙蛙種子可能要去不思議花園，所以沒睡，一直看著外面。就在這時(shí)，小智看到妙蛙種子朝著花粉流動(dòng)的方向走去。小智將小霞和小剛喚醒，抱起皮卡丘跟上妙蛙種子。
小智一行人跟著妙蛙種子跑了一段時(shí)間，四周突然長(zhǎng)出許多藤蔓，把小剛嚇了一跳：“這是什么？”小霞看著前方立刻說(shuō)道：“你們看，這些藤蔓要把前面的路堵塞起來(lái)了?！毙≈侵肋@里就是不思議花園了，率先跳了過(guò)去。小霞和小剛也跟著跳過(guò)去。
小智一行人跳過(guò)藤蔓后，皮卡丘指著一個(gè)方向叫起來(lái)：“pika！”小智問(wèn)道：“皮卡丘，怎么了？”不過(guò)小智一行人跑過(guò)去就看到下面平坦的草地上有很多的妙蛙種子，然后這些妙蛙種子就開始唱歌。就在小智一行人吃驚的目光下，正中央那棵巨大干枯的樹開始成長(zhǎng)，并且開出了大片的紅花，就連地上也開出了許多小紅花?？吹竭@樣的美景，小霞陶醉地說(shuō)道：“真漂亮啊！”
不過(guò)，就在這時(shí)，地面突然開始震動(dòng)起來(lái)。不一會(huì)兒，從樹洞里走出一只妙蛙花。小智見到這只妙蛙花后，猜測(cè)它的實(shí)力已經(jīng)距離神獸只有一線之隔。
然后慶典開始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙種子的回應(yīng)下，妙蛙種子們開始吸收飄著的花粉，都進(jìn)化成了妙蛙草。
小智知道自己的妙蛙種子是不愿意進(jìn)化的，可是這里都是妙蛙草，小智猜測(cè)著：難道妙蛙種子并沒有來(lái)這里？那它去哪里了？小智現(xiàn)在非常納悶。
就在這時(shí)，天空傳來(lái)火箭隊(duì)的聲音：“……（火箭隊(duì)經(jīng)典登場(chǎng)臺(tái)詞）”武藏一邊說(shuō)一邊從熱氣球下伸出一根大管子，笑道：“哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花我們火箭隊(duì)就接收了?！毙〈卫呻S后按下一個(gè)按鈕，管子就開始吸氣，好多妙蛙草都被吸起來(lái)了。小智看到這一幕，擔(dān)心地喊道：“妙蛙草！”就在這時(shí)，一只妙蛙草對(duì)小智開心地叫了一聲“dana！”并且飛快地沖過(guò)來(lái)。
小智看到后，開心地問(wèn)道：“你進(jìn)化成妙蛙草了？”小霞和小剛也走過(guò)來(lái)恭喜小智。皮卡丘也和妙蛙草說(shuō)著恭喜的話。
看到妙蛙花拖住了火箭隊(duì)，小智對(duì)自己的妙蛙草說(shuō)道：“好，妙蛙草，我們?nèi)兔钔芑ǎ钩鋈展馐?！”在太?yáng)升起的時(shí)候，妙蛙草開始吸收陽(yáng)光能量，向火箭隊(duì)的氣球發(fā)射出去，打破了裝著妙蛙草們的罩子，并且引爆了氣球，妙蛙草們也都出來(lái)了，隨后，妙蛙草們和妙蛙花使出了藤鞭，把火箭隊(duì)打飛了：“好討厭的感覺??！”
事后，小智一行人也回到寶可夢(mèng)中心，在和喵喵聯(lián)系交換了寶可夢(mèng)之后，又繼續(xù)踏上了旅途。