在1644年5月22日，杭州戰(zhàn)敗消息已經(jīng)進入了南京城，弘光帝朱由崧此時震驚不已，以十萬精銳對陣杭州城倉促拉起來的六萬人竟然損兵近萬人，但他也知道自己是這些將軍擁立，也不敢過分指責(zé)他們，只能督促阮大城盡快拿下杭州。弘光帝朱由崧想著身邊只剩下黃得功、高杰懂軍事，但高杰在江北要防著清軍抽不出身，就喊來黃得功來議一議軍事，黃得功乘機帶幾百人入了南京城。
在明朝，南京城南北長5里，東西寬4里，呈四方形，東連鐘山，西據(jù)石頭，南貫秦淮，北帶玄武，城周33.68公里，最高處達60米，最低處僅10多米，南京城墻有城門13座。黃得功在與朱慈烺制定計劃的時候早已將南京城的情況匯報了，南京城內(nèi)守軍不足一萬人，13座城門要處處設(shè)防，但弘光帝朱由崧的軍隊人數(shù)不足，又處處都是漏洞，不過本身弘光帝就是由四鎮(zhèn)擁立的，也在南京城外形成一個屏障，碌碌無為的弘光帝本身也不用擔(dān)心南京會被打到，因為需要先打穿江北防線才能危及到南京，南京的防務(wù)本身就不受重視，也難怪在歷史上清軍一天就拿下南京。
弘光帝朱由崧在御書房單獨召見了黃得功，“黃愛卿，你可知阮尚書戰(zhàn)敗的消息”
黃得功并沒有任何表情波動，隨口回答道“皇上，臣一直忙于安徽地方設(shè)防，觀察左良玉軍隊的調(diào)動，未曾收到什么消息”
弘光帝朱由崧把前線戰(zhàn)敗的消息和黃得功復(fù)述了一下，又很謹慎的問道“黃愛卿，如今從阮尚書傳回來的戰(zhàn)報中得知，敵我形式已經(jīng)改變，只能進行消耗，想要速戰(zhàn)已不可能，你覺得我們還有幾分勝算”
黃得功其實早已知道了這個消息，只是不想讓弘光帝撤軍，只能給他打打氣“皇上，我朝軍隊都是歷經(jīng)大小戰(zhàn)無數(shù)絕不是杭州城內(nèi)那些嬌身冠養(yǎng)的士兵所能比擬的，假以時日一定攻下來，皇上不必擔(dān)憂”
弘光帝朱由崧頓時放下了心，賞賜了黃得功一些禮物就散了。
朱慈烺在黃得功進入南京城以后，到了晚上就帶著四萬軍隊埋伏在離南京不遠的山上，隨著“嘭！”一聲南京上空亮起來煙花，在漆黑的夜里極為的明亮。這是黃得功發(fā)起進攻的信號，六百黃得功的親衛(wèi)，紛紛抽出雪亮的明刀，即便是在漆黑的夜里，也能夠清晰的看到這一種雪亮，就仿佛是大片的白雪在揮舞一樣?！斑M攻”隨著黃得功一聲號令，士兵們紛紛沖向城門口，與此同時，南京城門外的其他方向悄咪咪的摸進來了一大批軍隊，也幾乎在同一時間開始了進攻的步伐。進入了沉睡之中的朱由崧和南京城內(nèi)的士兵，在這一刻也被驚醒了。頓時，他們就意識到了已經(jīng)大禍臨頭了。慌忙的起身，去召集城內(nèi)的守軍，但是，卻發(fā)現(xiàn)，四面八方都是敵人。
朱慈烺也是第一次上戰(zhàn)場，不免有些緊張，騎著一匹黑馬在南京城外遠遠的觀望著。在朱慈烺軍隊的沖擊之下，南京城門很快就陷落了，當(dāng)朱由崧的軍隊發(fā)現(xiàn)四周都是敵軍，城內(nèi)的守軍很快就崩潰了。一根根的火把點燃了，已經(jīng)失去戰(zhàn)斗力的士兵，被全部抓了起來。收繳了他們的武器之后，再將手也捆住，這使得他們再沒有了反擊之力。當(dāng)然，在這一過程之中，有人試圖反抗的，下場則是直接被擊殺。接連殺了兩個人之后，剩下的人也就都老實了。畢竟，沒有人想死，即便只能多活一會兒也行。黃得功在同朱慈烺的軍隊會合以后，就帶領(lǐng)一萬人殺向南京的皇宮。
當(dāng)朱慈烺隨著戰(zhàn)事的結(jié)束也進南京城，“太子殿下，朱由崧已經(jīng)我手下被殺了！”這個時候，黃得功迎面趕了上來?！昂芎茫↑S將軍，這一次你立了大功啊，你是我大明的定國將軍！”朱慈烺由衷的贊嘆道。在清理完城內(nèi)的守軍以后，朱慈烺正式的入主了南京城，對于馬士英等人全部問斬，并且把朱由崧的首級讓錦衣衛(wèi)快馬加鞭的送去給阮大鋮。
這一仗打的非常順利，所以南京城內(nèi)并沒有什么破壞，南京城內(nèi)的反抗隨著朱由崧的死亡就停止了，南京的兵工廠也能正常使用，但城內(nèi)還需要大量的軍隊進行駐防，也為了防止江北的軍隊攻過來，黃得功的軍隊也得駐防安徽，當(dāng)務(wù)之急是必須擴張軍隊。
第二天清早就喊來了黃得功，“黃將軍，我們馬上就要控制江蘇、安徽、浙江這么廣大的地盤，還有很多敵人，我想現(xiàn)在就擴軍”
黃得功覺得太子說的也對，反正有仗打他就能建立軍功，“太子殿下，我覺得目前是需要很多的軍隊來維持安全，但想要能打仗恐怕還得訓(xùn)練半年以上”
朱慈烺思考了片刻回答道“黃將軍，我們的兵力還是太薄弱了，我想直接從你的部隊基礎(chǔ)上抽調(diào)一部分軍隊直接擴軍，直接把你的那些老兵提拔上去帶領(lǐng)新兵，我需要大量有戰(zhàn)斗力的部隊?wèi)?yīng)對即將來臨的大戰(zhàn)，現(xiàn)在的敵人有殘敵高杰、左良玉、清軍、大西、大順，如果沒有足夠的軍隊，我們會很危險”
黃得功對此并沒有意見，能帶領(lǐng)的軍隊當(dāng)然是越多越好“殿下所說的非常有遠見，末將只是武夫那些政事思考不來，行軍打仗我在行，但是國家大事您定奪就好了”
朱慈烺在得到了黃得功的支持以后，提拔方國安的兒子方元科為錦衣衛(wèi)總指揮，便開始了大規(guī)模的擴軍計劃，先將黃得功的老兵抽調(diào)出1萬人作為基礎(chǔ)擴充到10萬人成為禁軍由朱慈烺親自指揮，孫守法暫為副總指揮使，1萬老兵按營、衛(wèi)、總旗進行提拔，1營掌管5000千人，1衛(wèi)掌管1000人，1旗掌管100人，設(shè)置20營，給這些老兵都升了官他們就有帶新兵的動力了，等訓(xùn)練三個月就能形成一定的戰(zhàn)斗力，至于武器盔甲就更不用擔(dān)心了，南京城內(nèi)就有金陵制造局，還有弘光政權(quán)留下的大量輜重，話說另一頭黃得功這邊就安排繼續(xù)駐扎安徽。