天府之國地處西南，毗鄰云貴，土司制度成為這片肥沃土地中最大的不確定因素，朱由檢登基為帝后，最讓他感到困擾的是遼東的后金，其次是陜西河南等叛亂的起點，這都是能夠動搖大明國基的事情。當然除了這些最大的煩惱，還有云貴的土司，因為民族的特殊性，他們儼然就是一個獨立于大明王朝之外的******，并且在真正的歷史中，天啟元年九月，四川永寧宣撫使奢崇明的軍隊在女婿樊龍的率領下，攻占了重慶，隨后進獻遵義，圍攻成都府，全川震動，當然這種局面也沒有維持多長時間，中央朝廷抽調數(shù)省兵力，把叛亂給壓制下去，雖然奢崇明兵敗被殺，但這股反叛朝廷的勢力依然存在，在大明滅亡后，依然與清朝過不去，最后被吳三桂平定。
孫傳庭離京的時候，朱由檢便一再叮囑孫傳庭，對待土司一定要慎重，當然不是朱由檢畏懼，對于大明王朝來說，土司是一種制度，雖然大多數(shù)心不向著咱們，但因為民族的特性，他門也只能在山里面蹦跶，出不了四川，對于現(xiàn)在的大明王朝，最大的敵人是后金，是天災人禍中的那些流民，那才是要害。
孫傳庭骨子里面有股傲氣，當然孫傳庭也是名書生，對于起用自己的朱由檢來說，也是心懷感激，士為知己者死，故在來到天府之國的時候，一直矜矜業(yè)業(yè)，整改為所，開墾荒田，重新統(tǒng)計人口，這都是孫傳庭在四川的所作所為，當然因為鄰省的陜西巡撫李爍，鐵血施政，孫傳庭明白，他不能與李爍一樣，因為這樣以來的話，會讓民間對皇帝產生一種錯覺，都覺得皇帝是個狂暴的君主，任用的封疆大吏全是酷吏，就是因為心懷忌憚，故孫傳庭一直都是用懷柔的方式來施展自己的大政。
比如整治為所，孫傳庭用了一種與陜西完全不同的方法，這種方法在這個敏感的時刻與朝堂之上沒有掀起一絲風浪，孫傳庭也裁剪了一些年齡大的軍戶退出軍隊，但是他沒有取消軍戶的身份，而是安排這些被裁剪掉的軍戶不用操練，專心種田，當然陜西的軍田私占十分嚴重，可在四川卻又是另外一種局面，四川大多數(shù)地區(qū)都是山區(qū)，田地極難耕種，故四川的鄉(xiāng)紳大戶極少數(shù)是靠著田地發(fā)家的，因為這些地理原因，四川出現(xiàn)軍田私占嚴重的只有在成都府，對于這些軍田，孫傳庭又用了另外一種方法來處理，便是派人把成都侵占軍田嚴重的大戶鄉(xiāng)紳喊道巡撫衙門，對他們說，陜西軍田私占在朝堂之上鬧得沸沸揚揚，皇上成立軍田私占調查司在陜西頗有成果，皇上覺得，應在在全國上下能推行這種大政，現(xiàn)在讓我們這些巡撫，布政使上奏說本省的軍田私占是否嚴重，眾位鄉(xiāng)紳，你們覺得我們四川的軍田私占又是否嚴重呢？
因為陜西的軍田私占調查司在陜西抓了不少人，故四川的鄉(xiāng)紳也都有聽聞，誰都不愿意去受那牢獄之苦，在孫傳庭的恐嚇下，這些鄉(xiāng)紳答應了孫傳庭的一個條件，那些被你們侵占的田地我不要了，我也不跟李爍一樣，要你們賠償金，你們只需每年給我繳納一份糧食已做軍餉，當然這也是孫傳庭的一種妥協(xié)。
孫傳庭去了陜西后，提拔了一大批底層武館，又上奏換了三府的知府，都提到了朝廷的允許，就這樣在無聲無息中，孫傳庭培養(yǎng)了自己的一套班底，在四川也漸漸的站住了腳。
當然說到這里，就不能不提天府之國的政治局面，因為孫傳庭的手段與朝廷不講理由的支持，讓孫傳庭成為四川最大的政治勢力，當然即便實力最大，也還有其他的政治對手，，他的對手便是左布政使劉國棟，劉國棟在四川任職已有十五年的時間，根深蒂固，與各地土司也有深厚的交情，當然劉國棟他的政治身份標志著他絕不可能成為皇帝朱由檢看重的人，他是名閹黨人員。
因為朝廷與四川官府對于土司關注的很多，故這次四川的叛亂不是土司，而是普通百姓。
帶領百姓叛亂的叫王士性，王士性是個讀書人，卻久久考不中功名，迫于生活壓力只能回到家鄉(xiāng)教書耕種，而王士性卻是個個地地道道的野心家，他不甘于平庸，便搞起了神佛一套，信奉救世主菩薩，這尊虛擬的神祗，窮苦百姓大多數(shù)都相信這些，故經過六年的發(fā)展，王士性在保寧府發(fā)展起過萬的信徒，雖有過萬的信徒，但王士性從未想過造反，若說他為何鋌而走險，反了朝廷，根本原因還是在于官府，當然孫傳庭在這里也要負有重大的責任。
孫傳庭在四川一個多月的時候，就知道保寧府有一個救世主菩薩的神教，教首王士性是個落魄的讀書人，孫傳庭作為朝廷大員，當然不信這一套，更讓他生氣的是，王士性曾是個苦讀數(shù)十年的讀書人，當他得知王士性騙取教徒的錢財來供應自己奢侈生活的時候，就想把這個王士性給抓起來，但苦于沒有借口，只好讓手下的人去秘密調查王士性，終于抓到了王士性的把柄。
第一，王士性的教義就是現(xiàn)在的天下就是一個十惡不赦的地獄，我等凡夫俗子，只能誠心信奉救世主菩薩，才能得到救贖，這便是隱射當今朝廷，當然這是手下找到的第一個把柄，對于這種相對于文字獄一般的罪責，孫傳庭是不屑于使用的，而第二條罪責，也是讓孫傳庭下令抓捕王士性的主要原因，王士性在教書的時候，曾經殺害一個老漢，因為王士性異常狡猾聰明，官府一直沒有把罪犯緝捕歸案，故孫傳庭下令保寧府知府，立即抓捕王士性，因為王士性在本地很有威望，官府的行動應該是秘密進行的，但殊不知，去抓捕的衙役中有一人是王士性的信徒，這人在得到消息后，立即去通知了王士性，王士性得知消息后，大驚失色，連夜逃出他的神廟，并在兩日后，發(fā)動了這場史稱，神廟之亂的事件。
王士性聚集兩千多精壯信徒，在黎明的時候進攻保寧城，當時城上的士兵不足百人，看到一兩千農民模樣的人，向城池沖來，喊打喊殺的，嚇了一跳，立馬關閉城門，吹響了號角。
保寧府城高墻堅，又有四千余名守軍，這些烏合之眾當然打不下來，丟下了幾具尸體后，就逃竄而去，保寧守備胡均，唯恐城外有埋伏，也不敢派人追擊。