周朝瑞，字思永，號衡臺，山東東昌府臨清州人。明光宗嗣位，升吏科給事中，疏請收錄先朝直臣。不久陳“慎初三要”，曰“信仁賢，廣德澤，遠(yuǎn)邪佞”，請留上供金花銀，以佐軍興。明熹宗立，遷禮科左給事中。左光斗等極論大學(xué)士沈纮勾結(jié)中官練兵，為肘腋之賊，得罪魏忠賢黨，被忠賢心腹徐大化列入汪文言獄中，與楊漣等五人并逮下獄，坐妄議“移宮”及受熊廷弼賄，拷打備至，斃獄中。與同為閹黨所害的楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、顧大章并稱“東林六君子”。
明光宗即位，周朝瑞被提拔為吏科給事中，上疏請求收留錄用前朝的忠臣。不久，陳述剛開始執(zhí)政時應(yīng)注意的三項要務(wù)，即：一、任用仁愛賢能的人；二、推廣皇上的恩惠；三、遠(yuǎn)離邪惡、阿諛奉承的人。于是請求留下各地上供的金花銀，用來幫助軍隊建設(shè)。其中有很多斥責(zé)宦官的話，宦官都憎恨他，因此刺激皇帝生氣，貶低他的官級將他調(diào)往外地，這時他才做諫官四天。他尚未出京城，明熹宗即位，下詔恢復(fù)他的官職，上疏請求皇帝容納直言進諫，又陳述考試選舉的各種弊病。將要舉行日講，上書陳述君臣之間相互警戒，皇帝都高興地接受了。賈繼春請求安置李選侍，周朝瑞極力駁斥他，跟賈繼春來回交鋒三四次。
遼陽戰(zhàn)事危急，周朝瑞請求在內(nèi)閣大臣中推選二個通曉軍事的人專門負(fù)責(zé)這事，而用職方郎一人專門管理機要事情，給事中二人專門負(fù)責(zé)來往的公文，皇帝同意了。雄縣知縣王納諫被宦官誣告，假傳圣旨降了官級，給事中毛士龍因此檢舉駁斥宦官，被府丞邵輔忠陷害，宮廷傳旨將他除名，周朝瑞一并上疏一一討論。
太陽上面覆蓋了一個東西，忽然大風(fēng)吹起狂沙，天空一片火紅，都城的人驚嚇得不知所措，有關(guān)部門不敢報告皇帝。周朝瑞請求皇帝修身自省，下詔給朝廷內(nèi)外的臣屬，不要互相斗爭耽誤國家大事，責(zé)問有關(guān)部門不上報的罪責(zé)，皇帝接受了。這時皇帝即位一年多了，還不曾親自主持國家政權(quán)，國家大權(quán)落在別人手里，周朝瑞請求皇帝親自處理國家事務(wù)?；实巯轮?，說政務(wù)交給內(nèi)閣大臣，祖宗的舊制度不能搞亂了，然而這時國家政權(quán)根本不在內(nèi)閣。
廣寧失陷，下詔停止每天的學(xué)習(xí)講讀，周朝瑞等人上疏說：“這果真是皇帝的意思，輔臣應(yīng)當(dāng)據(jù)理力爭。如果輔臣迎合宦官的意圖，那么過失就大了。況且皇帝年輕，還沒有自己的明確主張，全靠早晨講解經(jīng)史的機會，各臣能夠一睹皇帝的龍顏，一起揭穿指鹿為馬的奸計。如今上朝的機會已逐漸減少，倘若再取消講解經(jīng)史，深宮重重阻隔，無法會見，地方司馬的報告不能傳入，像呂大防一樣被貶職而不被人知，國家大事將毀于一旦了?！闭枚Y部也有同樣的說法，于是下令照常舉行每天輔助皇帝講解經(jīng)史。
不久，同各給事御史惠世揚、左光斗等人極力追究大學(xué)士沈纮勾結(jié)中官操練部隊，是窩藏在皇帝身邊的內(nèi)奸。沈纮上疏辯護，周朝瑞等人徹底揭發(fā)他賄賂勾結(jié)魏忠賢、盧受、客氏，而末尾又涉及他的私黨邵輔忠、徐大化，語言過于激烈，剝奪了首先上疏的惠世揚的俸祿。徐大化曾受某個要人的指使，極力攻擊熊廷弼，周朝瑞討厭他。不久，王化貞丟棄廣寧逃跑，徐大化又請求立即殺死熊廷弼，周朝瑞認(rèn)為熊廷弼還有可用之才，請求讓他防守山海關(guān)，帶罪立功，先后上了四次疏，都被扣壓沒有實行。徐大化于是極力誹謗周朝瑞，周朝瑞被激怒了，也丑化詆毀徐大化，有關(guān)部門為他們雙方排解。
周朝瑞剛被提拔為太仆少卿，而徐大化是魏忠賢的心腹，一定要殺死周朝瑞，將他的名字竄入汪文言案中，跟楊漣等五人一起逮捕，投進鎮(zhèn)撫司的監(jiān)獄，判處胡亂議論“移宮”的事情以及接受熊廷弼賄賂一萬兩，過了五天再審訊，嚴(yán)刑拷打，竟打死在獄中。