崇禎委以陳淵以大任，但卻沒給他文淵閣大學士一職，到底是沒讓其入閣，這不免讓人想入非非。
皇帝這是不信任陳淵?
在新政方面，崇禎帝亦并非對陳淵百依百順，陳淵請求他減免北方災荒地區(qū)的稅賦，但崇禎始終猶豫不決，只說等商稅收上來后再做打算。
其實陳淵對于免稅并無太大奢求，因為明朝的稅賦本就不是很高，按當時的標準，每畝地的額定稅平均只有2分5厘白銀，約合銅錢二十五板，或是交納相應數量的糧食。如果按人口負擔算，全國2億人口，人均也不過負稅7分白銀，加上萬歷朝“遼響”和本朝擬議中再加的“遼響”共685萬兩，人均負稅也才白銀1錢多一點。這樣的稅率不論是在中國歷史上還是同世界各國的情況比較，都是相當低的。
可惜人民的實際負擔情況卻遠非如此。造成的實際負擔加重的主要原因是雜項錢糧太多，所謂的雜項錢糧包括合法的征派，也包括不合法的或是半合法的勒索。明朝正稅之外的賦稅門類繁多，張居正實行一條鞭法的時候清理過一次，但以后從重蔓延，各類雜稅名目新奇，負擔沉重，遠遠超過正稅。此外，明代稅制又極為僵化，一個行政單位的負稅額幾乎是百年不變的，如果出現(xiàn)什么影響稅負的情況，仍然照舊不變。例如歷代親王們都被朝廷賜予大量土地，像崇禎帝的叔叔福王和瑞王，各自得到的贍養(yǎng)田是2萬頃。所謂賜贍養(yǎng)田2萬頃，就是每年把2萬頃的田租交送給王府，這份租稅并沒有具體人負責，而是分攤給各省各縣，成為當地人民的一項特別負擔。但無論哪個地方負擔了多少這類額外錢糧，國家的正額賦稅一律照舊。這樣，有些地方的實際賦稅已經10倍于正稅了。
更多的額外負擔是非法的或半合法的勒索，列如各種臨時的私派及已經成為定例的“耗羨”。所謂“耗羨”是地方政府在正項稅差錢糧之外增加的部分，名義上是為了補充轉運時所造成的損失，實際則主要用于中飽各級官吏的私囊。私派更是毫無定制，各級官員有的假借軍興而私加，有的假借增響以擅派，有的因工程修筑而巧立名目，有的借解運稅糧而加倍征收，或是設立雜項開支，或是借口費用不足，凡設置一個項目，都是增收數十倍。
有鑒于此，崇禎帝既然不肯在減賦上松口，那陳淵便想在這雜賦雜稅上作文章了。
在陳淵上任戶部三日后，陳淵寫了一本奏折，遞交給了崇禎，言明了稅收現(xiàn)狀：“各級官員，巧借名目，魚肉百姓，以朝廷正稅之外，另行攤派雜科，百姓不知，以為朝廷皇上所立，不免心生抱怨，朝廷皇上名譽俱損，而貪官中飽私囊，實在可惡!”
崇禎平生最為愛惜的就是他的名聲，現(xiàn)在陳淵告訴他地方官員在搞臭他的名聲，他怎能不皇恩震怒，于是下令陳淵，嚴辦此事。
第二日平臺對奏，陳淵就給出了解決措施，其具體如下。
一是戶部新建稅務監(jiān)察司，立待郎統(tǒng)之，分道設官。為避免利益勾結，分道官員選拔新科進士充任。監(jiān)察司無收稅之權，卻有監(jiān)察稅務的權力，一旦發(fā)現(xiàn)有違規(guī)收稅的事發(fā)生，立即上達戶部，轉理皇帝，不經內閣之手。
二是開列稅務清單，將本該征的稅，該征多少的稅都清清楚楚地寫在清單上，連耗羨都做了明確規(guī)定。監(jiān)察司官員拿清單下到地方，與地方稅務對賬，凡清單之內視為合法稅務，清單之外即為非法稅務，一旦發(fā)現(xiàn)，可立即上奏。
崇禎帝對陳淵的意見十分滿意，大手一揮同意了陳淵組建稅務監(jiān)察司。
就在朝廷大張旗鼓的實行新政之時，大明山東布政使司傳來噩耗，原遼東邊軍孔有德部發(fā)生叛亂，攻陷了登州，登萊巡撫孫元化被活捉。
這起事件，說起來還與當年袁崇煥有關，自崇禎初年，袁崇煥就任遼東都師，毫無征兆的情況下擅自斬殺了皮島守將毛文龍，致使原屬毛文龍部下的一部分官兵驚恐萬狀，不久就逃離了皮島各謀生路去了，其中很大一部分浮海逃到膠東，帶頭的是孔有德、耿仲明和李九成等人。負責膠東半島防務的登萊巡撫孫元化過去多年任職遼東，對遼東部隊比較有感情，就收編了他們，仍由孔有德等人統(tǒng)領。但這支部隊卻為了主帥被袁崇煥無緣無故的殺死，對明廷深有不滿，腦后的反骨并沒有脫化。去年十一月，因為遼東大凌河遭受后金圍攻，形勢吃緊，孫元化奉命調孔有德部隊從旱路增援。然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養(yǎng)不足，又部隊行抵吳橋時，與山東人屢有摩擦，縣人皆閉門罷市。有一士兵強取山東望族王象春家仆一雞，該丁被“穿箭游營”。于是士兵擊殺該家仆，事后象春之子不肯罷休，要求查明真相，李九成把孫元化給的市馬錢花盡，恐遭非議，便搶劫嘩變。
孔有德受李九成和李應元父子的煽動叛變，帶著隊伍一路向回殺過來，攻陷了山東的陵縣、臨邑、商河、青城、新城等地，長驅直入進到膠東，在歲末的時候圍困了孫元化駐守的登州城。
對于這次叛亂，孫元化一直主張和平招撫，朝廷一時沒辦法調集軍隊去剿殺，也只得先讓孫元化招撫看看。直到叛軍兵臨城下，孫元化仍然以為自己憑著老關系可以傳檄而平亂，還多次寫信勸喻孔有德，沒有把注意力全放在堅守拒敵上。崇禎五年一月，仍在孫元化軍中的耿仲明在城中做內應，登州城破，叛軍擄獲了舊兵六千人、援兵千人、馬三千匹、餉銀十萬兩、紅夷大炮二十馀位，西洋炮三百位?？偙鴱埧纱髷貧⑵滏愂虾?，上吊自盡，孫元化自殺未成，不向叛軍妥協(xié)，城中葡萄牙人有西勞經、魯未略、拂朗亞蘭達、方斯谷、額弘略、恭撒彔、安尼、阿彌額爾、薩琮、安多、兀若望、伯多彔等12人死亡，15人重傷。