爆破成功后，儀鳳門外的林風(fēng)祥等將親率突擊隊“踐蹈登城”，大呼著“百姓皆閉門，敢出者殺！”向城內(nèi)殺去。在生死存亡之際，清軍民也不是吃素的，聞太平軍從儀風(fēng)門殺入，城內(nèi)地主督率團練與其他各城門的抽調(diào)兵勇，增援北城，迎面向著沖入太平軍殺去。并“呼居民助陣”。一時間，百姓聞而相應(yīng)?！敖痔幭锶耍駱屇竟?，蜂擁齊來”，“山后皆園戶，各執(zhí)耙鋤助追逐。”
太平軍突擊隊兵進城后兵分兩路“一路殺向鼓樓，一路循金川至神策?！币恢⒌教介T的太平軍，遇到迎面而來的清軍“用火槍迎戰(zhàn)，連環(huán)而進”，氣勢洶洶的太平軍頓時“不能當(dāng)，跟蹌退”。通向神策門太平軍見事不妙，果斷“吹螺集眾”，各隊太平軍收到信號后立即趕來雞籠山集合。（包括碰巧殺掉陸建瀛的那一隊。）清軍見此，便分兩路（一路山左，一路山右）包抄山上的太平軍。不一會城內(nèi)民眾趕來支援清軍，清軍在群眾的鼓舞下，鼓起勇氣向山上殺去。山上的太平軍被漸漸爬上山的清軍逼到山頂呂仙廟前的御碑殿后，知事不可為，便由原路撤回城外。殺向鼓樓的另一支太平軍望見雞籠山突擊隊撤退，也隨之撤退。沒過一會，氣勢洶洶殺進城內(nèi)的太平軍“從哪來，回哪去”。
據(jù)記載當(dāng)時情形：“不數(shù)刻，兩股賊仍由塌卻處出城，滿不敢深追，抵城而止。于是潰兵復(fù)集，領(lǐng)勇者漸招集逃勇，籌防局發(fā)麻袋，裝土填卸處……自辰至午布置照常，全甌缺而復(fù)全?！?p> 儀鳳門雖然保住了，但江寧總指揮陸建瀛卻意外被殺。當(dāng)其被儀風(fēng)門的巨響嚇醒之后，為求保命，慌亂以“壯勇數(shù)十名為前導(dǎo)”，乘四人綠呢小轎”，欲到滿城避難。但是江寧將軍祥厚勸他，在此危急之下，作為最高指揮的陸建瀛應(yīng)“招集百姓助戰(zhàn)”，反擊太平軍?！奔热粷M城不得入，總督悽惶無奈硬著頭皮，準(zhǔn)備前去清兵多的地方主持對抗。但很不巧，陸建瀛沒遇到清軍，卻遇到太平軍殺入城中的突擊隊，見碰到太平軍隨行“壯勇即逃，輿夫亦置輿遁去。陸嚇得不知所措。但巡捕童某沒有隨壯勇同逃，而是將陸拉出轎子，背著逃跑。
但一個書生背著書生，怎么跑的過兇悍的太平軍？沒跑多遠，被太平軍突擊隊追上……。
此時城內(nèi)的間諜就在城中大呼“太平軍從儀風(fēng)門殺進來了”。
而逃跑的轎夫和壯勇，也在無意地幫腔，大呼著“總督被殺的消息?！保又亓顺莾?nèi)軍民的恐慌情緒。）
雖然殺入城中的大部分太平軍很快被清軍趕出去了，在修補城墻的同時。為肅清城內(nèi)殘留的太平軍余孽，官府懸重賞。還別說真有太平軍被抓獲“持赴總局獻功”，其余清軍見此眼熱得不能自制。
城內(nèi)的兵勇、團練為了重賞，紛紛從城頭跑下來，沿城坦深入城內(nèi)樹叢搜殺太平軍。
快到中午的時候，太平軍探知南城防守空虛。遂決定殺清軍一個回馬槍，乘機搶攻南城，清軍副將沈鼐頑抗，被殺到城上的太平軍擊斃。由于有能力的清兵都去城內(nèi)殺賊，留在城上的清兵見副將被殺，太平軍越來越多，遂皆棄號衣散去。（準(zhǔn)備在太平軍進城前，脫掉官府躲在家里裝老百姓，妄圖保命。）
這部分逃跑頓時帶起全線逃跑的節(jié)奏。（恐慌的情緒無情傳染）督修復(fù)儀鳳門的祥厚等將聞“南城等處又破”、“駐防軍紛紛棄甲”太平軍“尾追而下。他當(dāng)即決定丟下大城不顧，退守皇城。有些清軍見此欲與殺進城內(nèi)的太平軍展開巷戰(zhàn)，但祥厚拒絕了這個提議，唯“率官兵守皇城，滿族婦女、幼弱亦登啤助守”。
城內(nèi)江南提督福戰(zhàn)死在聚寶門，前廣西巡撫籌防局總頭目鄒鳴鶴在府東大街戰(zhàn)死，其他文武或被擒斬或自盡，或喬裝打扮成居民，潛伏下來。
當(dāng)晚，太平軍基本控制江寧城內(nèi)的街區(qū)，并在各門城樓上都插上太平天國杏黃色的戰(zhàn)旗。
太平軍經(jīng)過了一天的戰(zhàn)斗，終于攻取了江寧外城。