在大洪災爆發(fā)后，瘟疫也暴發(fā)開來。
漆黑暗淡的天空下，暴雨交織，陸地被雨水淹沒，成為一片海洋，當初的部落已不復存在。
為了給感染瘟疫的人治病，堯命令人族強者們采集圣藥和凡草，按照神農傳下的粗略草藥信息，將幾種有記錄的凡草和圣藥搭配起來，煮水分給病人飲用，希望能緩解病情。
起初時的湯水毫無效果，但隨著試驗的次數(shù)的增多，湯水也漸漸能起點作用，稍微緩解病人的痛苦，減緩死亡時間，但始終無法治愈病人，讓堯憂心忡忡，夜不能寐。
瘟疫之下，老人和小孩最先死去，而后青少年也慢慢出現(xiàn)癥狀，頭暈，發(fā)熱和出汗不一而足，因為無法治療青少年開始出現(xiàn)吐血，拉肚子和消瘦，堯看著他們無神的眼睛空洞的望著天空，直到死亡，這一幕讓堯心痛不止。
羿在一旁扶著堯，自從嫦離開后，心懷愧疚的他就成為堯的義子。
他們一起巡視著人族的居所，望著那一顆顆高大樹木的身下，搭建著幾排木屋，心生希望。
木屋是人族強者剛剛建造的，木質的地板依靠在樹干上，遠離潮濕的地面，勉強能遮風擋雨，維持干燥，因為在抗爭疫病時，堯發(fā)現(xiàn)干燥可以很好的減少患病人數(shù)，便吩咐修士們?yōu)橥逍藿疚荨?p> 久經(jīng)浸泡的地表上，泥土爛成粥，耕地生產不出糧食，積攢的食物早已吃完，如今人族能食以果腹的只有青澀的野果和偶爾獵殺到的魚或野獸，好在修士可以減少進食，但他們體內的能量也所剩不多。
巡視完后，堯回到山頂?shù)挠^察所，望著曾經(jīng)的丘陵現(xiàn)在是一片大澤，手中拿著搜獵隊剛送來的圣藥，吸取著它積聚的能量，以前直接服用的圣藥，如今也得先借用它吸附天地能量的能力，等它死亡后再服食。
看夠漫漫江水，堯收拾心情，拿起身邊的一小塊石頭，帶進觀察所，和之前拿的放在一起，坐在地上一塊一塊的計著數(shù)，期待著女媧能盡快將天空補上。
災后三年的一天，隨著一聲劃破天際的巨響，天上的烏云頃刻間消散得無隱無蹤，霞光四散，映出道道彩虹，堯含淚看著這一切，所有人在此刻都大聲哭喊，宣泄著絕望和悲傷，三年內，身邊死去的人實在太多，他們的尸骨堆在水底，腐肉任魚啃食，讓活人無時無刻不害怕。
沒有了吳浩宇的操縱，水位自然地日漸下降，終于在幾天后露出堆滿淤泥的陸地，上面還有未曾隨水逃離的烏龜和魚蝦，面黃肌瘦的人們在吃了三年的素食后，榨干體內最后的力量抓起它們，洗一洗就想往嘴里送，不過在堯的命令下，他們還是忍著饑餓，找修士們能量加熱，熟透后才食用，因為人們見過生吃魚蝦被蟲子吃空身體的人。
女媧在和吳浩宇商量后補好了天，但她實在不好意思再見到人族，但人族并不知道災禍的根源，只覺得是女媧拯救了他們，故而想要將女媧天天跪拜，于是第一座女媧廟就此誕生。
不久后，堯逝去，族中長者舜繼位。
在舜的帶領下，歷經(jīng)五十余年，人族生活重回正軌。
一日，舜召集族內長者，商量為人族的未來做些什么。
洪災時期，搜獵隊的帶頭人，禹，建議舜，挖寬黃河河道來減少水患，他的父親鯀也支持他，于是舜便任命他們父子防治水患。
禹領命后，帶領一眾修士探測黃河下游全貌。
一日，禹在入?？谔幇l(fā)現(xiàn)一群大鳥不停的從別處叼來石頭，扔進海中，有些不解，修士中有曾經(jīng)移山的悄悄告訴禹，他移山時也見此番景象，禹悄悄記下。
在走遍黃河南岸后，禹從北岸回到部落，一路上定下治水計劃。
一到部落，禹便向舜討要修士，并言明只需五年，便可根治，舜稍作思量便同意了禹的請求。
其后，禹帶著人族近九成的修士，以能量為力，法則為鋤，拓寬著黃河的河道。
人間的一切，吳浩宇都看在眼里，當他用法則將流逝的洪水加以補充時，心中也會有不忍，但是為了維持歷史不被改變，未來的自己能按時出生，他硬是狠下心來，禍害同族。
不過吳浩宇做不到那么絕，于是三年期限未到，他便提前終止了行云布雨，更是打算日后用人族的風調雨順來慰藉自己不安的良心。
見到禹開始治水，人族元氣開始恢復，他的心思也跟著活絡起來，思考著以后對于自己的安排，在想到封神演義后，吳浩宇才發(fā)現(xiàn)自己沒有一件像樣的法寶，于是開始試驗著去煉制法寶。
此刻，他的動物實驗也已經(jīng)做完，第一批長有經(jīng)絡的動物已經(jīng)在災后被他投放到人間各處。
治水五年后，黃河中下游拓寬將近一倍，河水被束縛在河道內，不再漫上兩岸，人民安居樂業(yè)。
又十年，舜日漸衰老，便讓禹代為管理同族。
于是人族在禹的帶領下，迎來第二次興盛。
禹是一位聰慧，勤勞和樂于實踐的部落首領。他改良文字，在之前的少數(shù)和生活相關的動詞，名詞和一些表示情感的形容詞的基礎上，增添大量描述草木的名詞和形容詞，更是天馬行空的提出介詞“之”，“乎”，“者”，“也”等，將原本需要通過手勢和斷斷續(xù)續(xù)的字表達出的意思，改良為只需要連續(xù)的語句便能表達。
他編纂醫(yī)典，在神農刻寫的植物信息后，添加上后來實踐檢驗過的藥方，命名為“神農本草經(jīng)”。
他提出將修士與凡人分開管理的想法，并付諸于實踐，提高了勞動效率。
舜感受到禹治理下的人族充滿希望，對比他治理的有過之而無不及，于是將首領的位置讓給了禹。
在舜退位的那天，九圣全部到場，作為見證，除帝俊看見羿后心情極差，女媧看見禹后有口難言之外，其余賓主盡歡。
堂間，禹提起那只搬石填海的鳥，向九圣請教，帝俊想起吳浩宇吩咐之事，便故意將精衛(wèi)填海的故事講給禹聽，禹聽后也有感于精衛(wèi)之情，便把此事傳與眾修士，并吩咐莫要傷它性命，而后八圣因好奇私下追問帝俊，帝俊只好將師父安排如實回答，一時間紫璜，女媧二女面面相覷。
禹成為首領后，為更好的幫助沒有修為的平民，在各村建修士所，讓修士傳授知識并幫助平民解決困難。
起初修士按照禹的吩咐行事，可時日一久，加上禹疏于對他們的管理，有些修士因為擔心修為被平民超過，便暗下不再傳授知識。
禹察覺到后，起初想要懲罰這些陽奉陰違的修士，但在見到村中平民無需為采集圣藥修煉耗費心力，日出而作，日落而息，生活安康便覺得這樣也挺好。
當這種做法在禹的默認下傳遍所有村落后，一些別有用心的修士開始一心修煉，讓族中子弟去平民家收取日常所需的食物，名為保護他們的物資，由于不通世事，平民竟然信以為真，無人反對，爭相從家中拿出余糧。
開始時修士子弟出于愧疚并不全拿，只敢拿一小部分，而后發(fā)現(xiàn)平民實在愚蠢，便加大力度，收取平民每家總收入的十分之三左右，而平民從來都不拒絕，讓他們更加肆無忌憚。
禹聽聞收取保護物資后，對這些子弟和修士進行了嚴厲的處罰，讓他們將索取之物償還給平民，并再拿出等同的物資賠償。
修士們按照禹所說的做了，禹便將此事揭過，可禹不知道貪欲和懶惰一旦開了頭，至死都不會休止。