赤眉軍攻陷長安后，最為離奇的是，竟然是讓劉玄成了漏網(wǎng)之魚。要知道，之前赤眉軍可是做了充分的動員，活捉劉玄者，封侯拜將、賞賜千金。并且在赤眉大軍中，還布置了一批專門人員，來對付劉玄。
可以說，這次為捉拿劉玄，赤眉軍可謂是布下了天羅地網(wǎng)，劉玄儼然是一個乳臭未干的黃毛小子，何以能夠逃脫呢？
經(jīng)過多次明察暗訪，赤眉軍最終知道，劉玄竟然在大軍到來之時，就開始從北方逃脫。進(jìn)入了右扶風(fēng)都尉嚴(yán)本的地盤，躲進(jìn)了高陵城。于是，樊崇大軍很快就到了高陵城下，劉玄被逼無奈之下，心知大勢已去，只能開城乞降，劉玄肉袒跪在長安城長樂宮臺階下，將天子璽綬奉獻(xiàn)給赤眉皇帝劉盆子。樊崇亦依照約定，沒有誅殺劉玄，而將其封為長沙王。
就在此時，赤眉軍中對于樊崇等人肆意荼毒天下心懷不滿，于是他們決定找到劉玄，重新?lián)砹⑺麨榛实?。張卬等人亦覺察到軍中似乎有不穩(wěn)的動向，只能向劉玄依附著的謝祿說道，若劉玄被人劫走，必定惹出禍端，不如索性抓住時機(jī)將劉玄斬殺。此時劉玄的身邊，只有一個劉恭尚且算是忠心于他，謝祿聞張卬言，深覺有理。為了防止劉恭壞事，謝祿便借故把劉恭支走，然后派人命令劉玄到長安郊外去遛馬。劉玄一直以為謝祿可以依附，哪里會有所防范呢。于是便欣然出了長安城，到了郊外，謝祿委派的幾個跟隨劉玄的士兵，便趁劉玄不備，掏出繩索將劉玄就地勒死。
東邊的洛陽兵馬，早就不歸劉玄管轄。自此，更始政權(quán)無論是在實際上還是在名義上，都已經(jīng)徹底敗亡。劉玄被殺的消息很快就傳到劉秀耳中，劉秀當(dāng)即派人傳詔西征軍主將鄧禹，務(wù)必獲取其尸體，在鄧禹的努力下，漢軍最終將其尸體尋回，并將其安葬在霸陵。劉玄的妻妾和三個兒子劉歆、劉求、劉鯉都得以保全性命于亂世。劉秀安撫了他們，以彰顯自己的仁義寬厚。
自劉玄一死，長安的赤眉軍便沒有了任何顧忌，在城中肆意妄為。建武元年（公元25年）十月，傀儡皇帝劉盆子在長樂宮大宴赤眉諸將。諸位將領(lǐng)本就各分派系，為了夸耀自己的功勞，不惜大呼小叫，剎那間，宮城之內(nèi)亂作一團(tuán)。而在長安皇城之外，平民百姓則更是過上了豬狗不如的生活，流民軍四處燒殺搶掠、無惡不作，長安十里之地，是曾經(jīng)無數(shù)人心向往之的所在，如今儼然一副人間地獄的景象。不久，朝堂之上，赤眉軍各路將領(lǐng)公然爭吵不休。韂尉諸葛耭在樊崇的授意下，率領(lǐng)甲士上殿，直接殺死百余人。神圣之地，霎時成了修羅場，尸橫遍地、血流不止。而曾經(jīng)劉玄在位之時，留下的千余名宮女，也因為沒有糧食可吃而一一餓死。
此時的長安城，只有楊音和劉盆子的兄弟劉恭尚且算得有一些理智。楊音屢次勸解，都沒有什么效果。而劉恭為了謀求一條生路，向劉盆子進(jìn)言，遜位讓賢，逃出長安。只可惜，樊崇等人好不容易找到這樣一個傀儡皇帝，無論如何是不可能放棄他的。劉恭也因此而差點(diǎn)被樊崇等人殺害，此事只能就此作罷。
而此時的鄧禹，則一直猶豫不決。鄧禹已經(jīng)進(jìn)入左馮翊境內(nèi)，在拿下了夏陽等地后便一直遷延不進(jìn)。當(dāng)此之時，劉秀早已幾乎平定了北方流民軍，揮師南下，圍攻洛陽，自然對于鄧禹的戰(zhàn)事，只能敦促而不能親自指揮。劉秀不明白，何以鄧禹會如此作為？
其實，鄧禹是有自己的考慮的，他認(rèn)為，如今雖然西征的漢軍人數(shù)眾多，達(dá)到十幾萬之眾，數(shù)量上與赤眉軍相差不大。然而，由于精銳部隊只有兩萬，剩下的都不過是新近招募的散兵游勇，因而能夠上陣打仗的人很少。此外，漢軍勞師遠(yuǎn)征，距離大后方河北相去甚遠(yuǎn)，沒有可靠的物資補(bǔ)給線；而前面也沒有可以作為依靠的根據(jù)地，缺乏足夠的糧食。赤眉軍剛剛攻陷了長安，獲取了無數(shù)輜重和糧草，兵精糧足，氣勢正盛，其鋒正銳，實在不可以正面抵擋。只要等到他們消耗完了士氣和糧食，就定然守不住長安。到時漢軍就可以兵不血刃奪下長安。眼下，上郡、北地、安定三郡，土廣人稀，饒谷多畜，漢軍應(yīng)該北上，整軍待命，以觀時變。
鄧禹的這番考慮，看似沒有什么疏漏，實則是只知其一，不知其二。他只知道自己的隊伍需要補(bǔ)給線，卻不知道，此刻赤眉軍數(shù)十萬大軍亦是如土匪一般，四處搶掠。長安民眾特別是其中的豪強(qiáng)地主，都真心地希望鄧禹大軍可以入主長安，趕走赤眉軍。如果此番不趁著天下歸心的時機(jī)收復(fù)長安，即使將來如鄧禹所說，長安兵不血刃就可以歸附到自己的手中，不僅難以獲取民心，亦難以挽回長安的財物糧草損失，更會讓赤眉軍四處流竄，為天下帶來更大的困擾。
劉秀到底是技高一籌，他早就看到了攻取長安的必要性和緊迫性，因而多次派遣使者前去敦促鄧禹出戰(zhàn)。哪知鄧禹竟然“將在外，君命有所不受”。劉秀遠(yuǎn)在洛陽，鞭長莫及，只能眼睜睜地看著鄧禹一再失去良好的戰(zhàn)機(jī)。
建武二年（公元26年）正月，長安城的赤眉軍再也無糧食可以搶掠，而那些豪強(qiáng)貴族們，要么私藏糧食，要么舉家搬遷，赤眉軍只能放棄長安。然而，長安雖然變得一貧如洗，其間的瓊樓玉宇卻沒有多少損壞，為了不給鄧禹等人留下任何財物，臨出城之前，樊崇下令縱火焚燒長安城，將長安城里的皇宮殿宇全部焚毀?？蓱z昔日繁華富庶的長安城，如今皆化作一片火海，成就滿目的敗墻和瓦礫。
其實，早在數(shù)月之前，劉秀就獲取了洛陽。相比于鄧禹而言，劉秀在很多方面都是鄧禹不能企及的，特別是劉秀在登基稱帝之后，其全局性的戰(zhàn)略眼光就逐漸顯露出來。定都洛陽，亦成為他精明過人的體現(xiàn)，他從王莽和更始帝的下場中得到教訓(xùn)，認(rèn)為在內(nèi)戰(zhàn)時期應(yīng)避開長安。此外，定都洛陽，更有他的政治軍事上的全局考量，洛陽可以更方便地從大平原的關(guān)鍵經(jīng)濟(jì)區(qū)得到供應(yīng)。在以后幾年，劉秀穩(wěn)步而有信心地把他的領(lǐng)地向四面八方擴(kuò)大。
當(dāng)面對天下另一個數(shù)一數(shù)二的重鎮(zhèn)，前朝都城長安之時，劉秀卻沒有絲毫辦法，他不可能兵分兩頭。那邊有他最為親信的鄧禹在負(fù)責(zé)，只可惜鄧禹在攻打長安赤眉之時，犯了糊涂，坐失良機(jī)。
終于，鄧禹所謂的機(jī)會來了，可等他到達(dá)長安，才發(fā)現(xiàn)其實自己一無所得，就連前朝皇帝皇后的陵寢，都遭到赤眉軍的無情挖掘。他甚至聽聞，赤眉軍將呂太后的尸體挖出，眾人見其依舊光彩照人，遂獸性大發(fā)，對其非禮。鄧禹當(dāng)即大怒，后悔不已，而軍中士氣也跌落到出戰(zhàn)以來的最低谷，為了鼓舞日益低落的士氣，鄧禹將漢軍駐扎在漢武帝時為了演練水軍而修建的昆明池邊，同時設(shè)宴慰勞全軍將士。不久，鄧禹又選擇良辰吉日，按照禮儀到漢高祖的寢廟前祭奠，對赤眉軍挖掘過的諸陵進(jìn)行了清理，將死人尸骨重新入殮安葬。并且將散亂在各處的西漢諸位皇帝的神主牌位收集起來，派人護(hù)送到洛陽。此外，鄧禹還設(shè)置了守陵官數(shù)名，派兵防守，防止再次遭到盜竊和挖掘。最后，他還將更始帝劉玄的尸體改葬于霸陵。
鄧禹完成了收復(fù)長安的重任，但卻沒有達(dá)到劉秀的預(yù)期效果。
其實，在赤眉軍逃離長安之后，天下已經(jīng)初定，但是劉秀依然不能就此放松，他需要面對的，還有邊陲之地的諸多分裂勢力。自更始政權(quán)敗亡之后，函谷關(guān)以西，鄧禹的西征軍、樊崇的赤眉軍、隗囂的隴西軍、劉玄的更始軍殘部、公孫述的巴蜀軍、竇融的河西軍，便以長安三輔為中心，展開了一輪又一輪的血戰(zhàn)。特別是公孫述、隗囂、竇融三人，要么控制著河西之地，要么坐擁川蜀富庶之地，當(dāng)年高祖斬白蛇起義，就是從川蜀發(fā)跡，一步步鯨吞天下。因此在地理位置上看，公孫述、隗囂、竇融三人都具備問鼎天下的實力。
反觀這三位梟雄，對劉秀爭奪天下最具威脅的，就是公孫述。
公孫述字子陽，關(guān)中三輔之一的右扶風(fēng)茂陵人。他精明干練，能力超群?？芍^才德兼?zhèn)洹３酥?，其父親在西漢之時，也是一方高官，家族教育之下，使得公孫述也精通為官之道，治理吏事民政，井井有條。據(jù)傳，天水太守聽說公孫述是一個能員干吏，對其極為賞識，將其任命為縣令，管轄隴縣、街泉、阿陽、成紀(jì)、望垣等五個縣。后來，公孫述又在王莽手下任川蜀之地一個郡的郡守，并逐步取得當(dāng)?shù)睾缽?qiáng)與民眾的支持，將踞在成都的宗成等人的部隊打得大敗，同時，在更始二年（公元24年）派柱功侯李寶、益州刺史張忠，率領(lǐng)軍隊萬余人翻越秦嶺，攻取招降蜀郡、漢中郡。
從此，公孫述便一直積蓄實力，并于更始二年（公元24年）自稱蜀王。到了第二年六月，公孫述終于公開與劉氏正統(tǒng)為敵，登基稱帝。此時此刻，他所轄的領(lǐng)地綿延數(shù)千里，從西面與西藏交界的地帶到東面長江三峽以下，從北面的秦嶺山脈到南面的長江。自古蜀道難，難于上青天，只要控制了進(jìn)入蜀中的幾條要道，就能夠坐擁富饒無比的成都，繼而虎視中原，奪取天下。但公孫述并沒有在中原各地處于膠著狀態(tài)之時，出兵蜀中，因為他考慮到，自己只控制了全國百分之七的總?cè)丝?，不得以之下，只能暫時選擇袖手旁觀，可惜最終失去了奪取天下的最好時機(jī)。
正如他的一個謀士所諫言的那樣，當(dāng)劉秀陷于其他戰(zhàn)線不能自拔時，他其實不應(yīng)該固守蜀中，而應(yīng)該出兵，向其他地方發(fā)起進(jìn)攻。
可惜，公孫述失去了這個機(jī)會。就劉秀而言，他小心翼翼地避免與其他的對手為敵，一直沿用著遠(yuǎn)交近攻的策略，由于劉秀看到公孫述的實力強(qiáng)勁，在通信中亦對公孫述以帝相稱。
一山不容二虎，最終，二人還是處在了直接對手的立場之上。
隗囂此人，前文已經(jīng)有過介紹，他在逃出更始政權(quán)的掌控之后，以天水郡為中心，迅速占領(lǐng)河西地區(qū)。這一切都和他的才德有莫大的關(guān)系，隗囂為人謙恭愛人，禮賢下士。特別是對于真心前來投奔他的人，不管其身份幾何，只要有可以拿出手的才智，他都會傾身接納。到了天水，隗囂積極聯(lián)絡(luò)各方英豪，提拔阿陽王捷、平襄行巡、長陵王元等擔(dān)任軍中將領(lǐng)，為其鎮(zhèn)守一方、征戰(zhàn)天下。
同時，他還拜平陵人范逡為師友，請金丹、杜陵等人為賓客。隗囂又任命前王莽朝廷的平河大尹長安人谷恭為掌野大夫，以趙秉、蘇衡、鄭興為祭酒，馬援為綏德將軍，申屠剛、杜林為持書，除此以外，隗囂還任命王遵、周宗、楊廣、王捷、行巡、王元六人為大將軍，攻略河西各地。從此，雄踞天水?dāng)?shù)郡的隗囂，名震西州，威加海內(nèi)，天下有志之人莫不心向往之。
除了公孫述和隗囂之外，西北之地還活躍著一個舉足輕重的人物，他就是“河西之王”竇融。竇融字周公，右扶風(fēng)平陵人。早在王莽攝政其間，竇融就做了強(qiáng)弩將軍、明義侯王駿的行軍司馬，在剿滅叛亂、征戰(zhàn)四方之時，驍勇善戰(zhàn)，胸中暗藏韜略，很快就得到王邑的賞識。
王莽末年，在青州一帶樊崇領(lǐng)導(dǎo)的赤眉起義爆發(fā)。此時，王匡在朝廷里做太師，經(jīng)過王邑的引薦和自己的觀察，從心底欣賞竇融。竇融亦得以跟隨太師王匡、更始將軍廉丹一起出征青州。自此以后，竇融一直在王匡身邊做部將，地皇三年（公元22年），新莽軍在成昌縣被赤眉軍將領(lǐng)董憲擊敗，王匡、廉丹敗退到無鹽之時，赤眉軍很快就追了上來，大戰(zhàn)之下，將軍廉丹戰(zhàn)死，竇融跟著王匡一起逃走洛陽。這一次慘敗，開始讓竇融懷疑，自己誓死效忠的這個王莽朝廷，是否真的有前途？
長安城被更始軍攻破之后，竇融向更始軍大將趙萌投降，趙萌素聞其才名，故而沒有殺他，反而任命他做了校尉。也是命運(yùn)使然，這趙萌竟然在不知不覺之間，成了當(dāng)朝天子劉玄的眼中紅人，一人得道雞犬升天。不久，趙萌越看越覺得竇融是個人才，因此非常器重他，便準(zhǔn)備向劉玄舉薦他為鉅鹿太守。但是，由于竇融的高祖父曾經(jīng)擔(dān)任過張掖太守，叔祖父也曾經(jīng)擔(dān)任過護(hù)羌校尉，他的堂弟從弟也做過武威太守。竇氏一族，經(jīng)年累世都在經(jīng)營河西，故而非常熟悉當(dāng)?shù)氐娘L(fēng)土人情，根基深厚。于是，竇融便想做張掖太守，經(jīng)過他的一番上下打點(diǎn)，他順利成了張掖太守。
竇融自此到了張掖之后，便著手開始撫慰周邊的西羌少數(shù)民族人，同時廣泛結(jié)交當(dāng)?shù)氐挠⑿酆澜埽缃鸪翘貐団x、酒泉太守梁統(tǒng)、張掖都尉史苞、酒泉都尉竺曾、敦煌都尉辛肜等人，他們不但在河西之地有實力，而且也有賢德之名，更與竇融是祖籍同鄉(xiāng)。竇融與他們結(jié)交之后，不吝饋贈，赤誠相見，彼此之間的關(guān)系非常好。路遙知馬力、日久見人心，半年不到，四方民眾便翕然歸附竇融。竇融終于成為了河西之地的豪強(qiáng)，在天下混亂之時，裂土封疆、割據(jù)一方。