自劉秀稱帝之后，天下一片混沌，尋常之人，一時之間，自然找不到未來的方向。民間百姓關注的，也只是誰能給予他們衣服、糧食和住所，而不會去關心誰是將軍、誰是帝王。真正關注誰做皇帝的，不過是那些王侯將相，王公貴族。他們?yōu)榍笞员?，就必須不斷地進取。所以至此天下大亂之際，各處紛紛起兵。
即使在更始朝廷內部，無論是小小士人抑或者是王侯將相，都各自暗懷鬼胎，他們從內心深處，都不再擁護劉玄，只是各自的出路，卻都有所不同。
眼下，赤眉軍一路西進，更始政權的中央政權遭受到赤眉軍的沉重打擊。眼看大廈將傾，卻無一人愿意出來力挽狂瀾。并不是他們沒有實力，而是他們不愿意再為更始帝劉玄賣命。例如此刻的更始政權內部，張步為求一方諸侯的地位，遂起兵于劇縣，李憲為保自己不和劉玄一般衰敗，亦占據了廬江，秦豐則盤踞在黎丘四處觀望。當然，這之中，尚還有一些原綠林系的將領，為了維持中央政權的穩(wěn)定，依舊鎮(zhèn)守四方，例如朱鮪守衛(wèi)洛陽，尹尊屯駐郾城，劉賜守備宛城。僅僅洛陽城以及周邊的守軍，就達到二十萬人以上。再加上其余各地的更始軍隊，兵馬總數更是在五六十萬左右。如果能夠統(tǒng)一起來，再有一位得力的統(tǒng)帥，逐鹿中原之日，他們也未嘗不可一問鼎之輕重?？上麄?yōu)榱俗约旱睦妫x擇各自為戰(zhàn)，最終免不了被敵人各個擊破的結局。而反觀天下大勢，除了劉玄、樊崇、劉秀等人具備爭奪天下的實力之外。
邊陲之地，亦不乏能人異士、實力強橫之人，控制著益州、巴郡、牂牁、廣漢、犍為、蜀郡、永昌、越巂等地的“巴蜀之王”公孫述，控弦百萬、戰(zhàn)將千員。
占據著天水、隴西、北地、上郡、安定、武都、西河七郡之地的隗囂，居高臨下、虎視中原；盤踞在河西敦煌、武威、酒泉、張掖、金城五郡的竇融，兵力強悍、戰(zhàn)將勇猛。這些人都是當世一等一的梟雄，不僅具有問鼎天下的野心，亦具備奪取神器的實力。
劉玄此刻正處于諸強環(huán)嗣的境地，早在遷都長安之前，就有人對劉玄陳述遷都長安的弊病，其間言道，遷都之弊，可見三點。
一者，遷都長安，糧食供應問題難以解決。特別是脫離了河北、河南等地，天下糧倉從此距離更始政權的首都千里之遙，繼而拱手讓出其在戰(zhàn)略上的主動權，使得更始政權在戰(zhàn)略上陷入了極大的被動。
二者，豪宅、美女、花花世界，這些曾經都是劉玄為了鼓舞綠林系將領同意西遷長安的砝碼，此刻卻成了劉玄滅亡的掘墓人，遷都長安之舉，使得以綠林軍將領為核心的中堅力量迅速腐化蛻變，日益墮落，喪失了進取心，更始政權很快就沉溺在酒池肉林之中，喪失了奪取天下的決心和勇略。
第三，則使得更始政權在控制中原上，遠遠不如洛陽方便。雖然此刻洛陽依然在更始政權手中，但是“將在外，君令有所不受”。更始政權的中央權力機構，其控制力甚至難以萬全滲透到洛陽各處，更何況是通過洛陽虎踞中原、鯨吞天下呢？
當然，對于遷都，劉玄也有他自己的考慮，司馬遷就在《上林賦》一文中這樣描繪長安為中心的關中各地：“終始灞、浐，出入涇、渭、酆、鎬、潦、潏，紆余委蛇，經營其內，蕩蕩乎八川分流，相背異態(tài)。”可見當時關中之地，實在是富庶無比，遷都長安，為更始政權的鞏固可以提供強大的助力；與此同時，劉玄也認識到，當時赤眉軍太過強大，兵力總數有幾百萬之多，縱橫天下，幾乎無人能捋其鋒。而反觀洛陽四周，一馬平川，幾乎沒有任何險關要隘可守，如果敵人大軍攻破洛陽四周屏障，那么洛陽也必將成為別人的囊中之物。只有關中三輔，東有函谷關，西有大散關，南有武關。北有崤關，自古號稱為“四塞之國”，故稱關中。憑借關中險要關隘，劉玄便可以躲避赤眉流民軍的正面攻擊。因此，遷都長安不失為一個明智的舉動；此外，劉玄一直自詡是劉室正統(tǒng)，自然要和西漢劉氏皇族一般，定都長安，劉玄相信，這樣不僅可以保持軍事上的不敗地位，同時也能取得政治上的優(yōu)勢地位。
在利與弊的權衡之間，劉玄和更始政權的文武群臣最終選擇了從洛陽遷都到長安，只是當時他亦有過疑慮，到底遷與不遷，誰對誰錯。也許只有歷史本身，才能夠給予他最為正確的答案。
更始政權敗亡似乎已成不可挽回的事情，而加劇這種敗亡的，除了更始政權本身的腐敗無能、赤眉軍的一路西進之外，還有以鄧禹為代表的劉秀漢軍的西征。更始三年（公元25年）正月，鄧禹率領他所挑選的兩萬精銳部隊以及韓歆為軍師，李文、李春、程憲為祭酒，樊崇（與赤眉軍領袖同名，卻不是同一個人）為驍騎將軍，耿欣為赤眉將軍，宗歆為車騎將軍，馮愔為積弩將軍，鄧尋為建威將軍，左于為軍師將軍的領兵系統(tǒng)，揮軍西進?？梢哉f，為了這一場戰(zhàn)役，劉秀可謂是費盡心機，大軍果然不負眾望，很快就突破太行山天險，進入上黨郡境內。此后，大軍一路凱歌高奏，經歷多長或簡單、或艱難的戰(zhàn)斗，先后攻陷了上黨郡內的箕關以及河東郡的首府安邑，鄧禹拿下安邑，不僅徹底平定了河東郡全境，還有一個重大的收獲，他還得到了一員大將張宗。這張宗不僅驍勇善戰(zhàn)，而且精通兵法，正是鄧禹西征最為需要的人才，鄧禹利用其將才，在戰(zhàn)場上奮勇拼殺，加速了這場戰(zhàn)役的勝利進程。不久，整個河東郡都歸入鄧禹囊中。數月之后，由于赤眉軍的任意燒殺搶掠，民心渴盼歸附，漢軍已經招募了十幾萬軍隊，并在衙縣與守城的更始政權名將，即中郎將、左輔都尉公乘歙的十幾萬軍隊交戰(zhàn)中，大獲全勝。
面對鄧禹的大軍，劉玄憂心忡忡，擔心不久鄧禹大軍就會攻破自己苦心在東方構筑的防線，突然出現在長安城外。更讓劉玄擔心的是，皇朝內部也出現了問題，更始三年（公元25年）六月，王匡、張卬在河東被鄧禹率領的西征大軍打得大敗，率領殘部倉皇逃回長安。這一下，算是徹底地驚醒了沉醉在溫柔鄉(xiāng)中的更始政權的諸位頭領，有人甚至建議，在長安城中搜集財物，從赤眉軍中殺出一條血路，而后回到南陽，以圖東山再起。這些話看似沒有什么道理，卻說到綠林系諸位將領的心坎上去了，劉玄為此擔心，也許不久之后，自己的帝位會在皇朝破滅之前就不保。
王匡、張卬等人在向劉玄進言之時，竟然被其大罵了一場，于是，眾人決定鋌而走險：發(fā)動兵變劫持劉玄，脅迫著他一起歸還南陽。不過，僅僅靠綠林系的力量還不足以成事。為了確保政變成功，必須還要聯(lián)絡其他的力量。有人提出：御史大夫隗囂器略深遠，可圖大事。這隗囂本是皇帝劉玄的心腹，官居御史大夫，然而，他卻為了保全更始政權，向劉玄進言道：“陛下自從進入長安以來，舉措乖張，政務失馭，人心不附。臣以為，陛下不如遜位，歸政于國老劉良，如此一來，人心可安，赤眉自去?！眲⑿勓?，當即大怒，這還是昔日自己倚為股肱的重臣嗎？劉玄考慮到眼下軍情緊迫，最終沒有殺他，擔心中已經生出了嫌隙。隗囂也深有自知之明，此后一直稱病不上朝。
很快，王匡就找上了隗囂，雙方一拍即合。當然，這并不代表隗囂就會甘心隨著王匡等人造反，他只是在尋求一個活命的機會，到他們發(fā)動變亂之時，趁亂返回自己的老巢天水?？上В怂悴蝗缣焖?，劉玄似乎對此有所覺察，緊急征調王匡、陳牧等人出鎮(zhèn)新豐，以去抵御赤眉軍。劉玄的這一舉措，徹底打亂了王匡等人的計劃。
王匡一走，留下的張卬等人明白，樊崇何等軍威，王匡此去，無異于以卵擊石，怕是“黃鶴一去不復返”了。為了保全性命和富貴，他們毅然決定，重新擬定計劃，同時找尋新的合作伙伴。這時的長安，平氏王申屠建主持朝廷日常事務，韂尉大將軍、淮陽王張卬，執(zhí)金吾、大將軍、穰王廖湛，隨王胡殷等三人則負責把持長安城中的軍務。御史大夫隗囂則被冷落在一邊?？梢姶藭r的劉玄，已經極度不信任自己曾倚仗的御史大夫了。只是他沒料到，“夫妻本是同林鳥，大難臨頭各自飛?！蔽羧找粋€個宣誓忠于自己的這些大臣們，竟然聯(lián)合到一起，準備在九月立秋日這天，趁劉玄出席“膢臘社伏”典禮的機會，將其劫持，然后搶劫長安財寶，東歸南陽。幸好這個計劃被劉玄的一個臣下知道，告知了劉玄，劉玄才得以未雨綢繆、把握先機。最終，劉玄決定要誅除申屠建、張卬、胡殷、廖湛、隗囂等五人為首的叛亂者，但只可智取，不可力敵。于是，他決意稱病，讓五人前來探望。隗囂似乎有所覺察，趁著他們進宮、皇帝放松警惕的機會，準備逃出長安。也正是他，救下了張卬、胡殷、廖湛三人?；实蹌⑿媱澋鹊轿迦讼档烬R之后，在一舉拿下他們，斬草除根?？上и髧桃恢睕]到，劉玄便決定等等，然而通過明察暗測，張卬、胡殷、廖湛三人紛紛發(fā)現不對勁，于是一個個相繼找理由離開。只有一向聰明的申屠建此刻卻是犯了糊涂，最終被劉玄抓住，斬首示眾。
劉玄立馬派人包圍御史大夫府，同時搜捕張卬、胡殷、廖湛三人。這三人一路直接回到軍營，帶兵沖向御史大夫府。此刻鄧曄正在猛烈地攻擊御史大夫府，突然張卬、胡殷、廖湛帶兵前來，兩面夾擊之下，鄧曄頓時大敗。隗囂也趁勢帶兵西出長安，趕回天水，在那里重新召集舊部，控制了天水郡一帶。從此，他自稱“西州上將軍”，割據一方，不再服從任何人的號令。而張卬、胡殷、廖湛三人，則迅速率領部隊包圍了皇宮，最終迫使劉玄倉皇逃出長安，奔赴新豐，投奔他的老丈人趙萌。
到達新豐，劉玄急忙命令王匡、陳牧、成丹來見他。陳牧、成丹等人不防劉玄設下陷阱，急忙應命來到劉玄帳下。劉玄二話不說，就命左右將這二人抓住，并問這二人，是否知道自己有罪。陳牧、成丹二人自知大勢已去，遂沒有多加辯駁，便被推出帳外斬首。王匡因為是主將，暫時幸免于難，但是“皮之不存，毛將焉附”？王匡知道，只要危機一過，皇帝就會對自己痛下殺手，于是，王匡迅速整合本部人馬，返回長安。
此時，丞相李松帶領的勤王兵趕到，偕同趙萌手下的軍隊，一起反攻長安。一個月之后，王匡等人敗逃，劉玄重新做回更始皇帝，只是經此一役，本來就岌岌可危的更始政權，更加風雨飄搖。就連劉玄曾經發(fā)號施令的長樂宮也不能再住，劉玄只能搬到長信宮居住。
更始三年（公元25年）三月，赤眉軍在蓩鄉(xiāng)地區(qū)擊敗了丞相李松率領的更始軍主力，全殲其部三萬多人，打破了更始政權在東線的重要防線。從此以后，赤眉軍一路高歌猛進，又接連攻陷湖縣等更始重鎮(zhèn)，作為自己暫時的立足之地。此時，赤眉軍已經是擁兵數十萬，更對更始政權的中心所在長安虎視眈眈。
本來，以更始政權和赤眉軍的相對實力而言，赤眉軍要獲取長安，無異于探囊取物，容易之極。但是在這之前，樊崇還必須要冊立一個皇帝，同時理清各級職能部門的關系，只有這樣，才能約束流民軍，讓他們不至于到了千古名都長安之后，得意忘形、胡作非為。同時，也能夠借此提高赤眉軍的凝聚力和戰(zhàn)斗力。
在此之前，隗囂的軍師方望，因擁立劉嬰而被劉玄派兵剿滅身死。他的弟弟方陽逃往弘農郡，向赤眉軍獻降。方陽素有才智，被首領樊崇任用為謀士，參贊機務。樊崇亦是一介武夫，對于朝中各處機要及其職能，所知甚少，只能向方陽請教。方陽當然是知無不言、言無不盡。
其實，當今天下諸侯政權的官職部門設置，大多數都是仿效西漢舊制。方陽將這些慣例一一向樊崇解釋說明，樊崇深以為善。
針對設立皇帝事宜，方陽亦建議立劉氏宗族子弟為皇帝，名正言順地討伐天下群雄。六月中旬，赤眉軍行軍到了鄭縣（今陜西華縣）境內，樊崇召集諸首領議事，決議向四方訪求一名劉氏子孫，將其立為赤眉天子。最終赤眉人馬尋到了景王劉章的后裔三人，分別是劉恭、劉茂和劉盆子。這三人的家族家道中落，從小沒有必要的教育，正好能夠被樊崇這等人所控制。然而，赤眉眾首領們卻沒有料到，竟然一下就尋到了三個合乎標準的人。到底應該冊立誰為皇帝，讓眾人頗為為難。最終，通過抓鬮的方式，劉盆子被流民軍奉為應命天子。
天子既然冊立，劉盆子自然要開始對這些功臣們封侯拜將，其中，樊崇為御史大夫，徐宣為丞相，逄安為左大司馬，謝祿為右大司馬，將領中自將軍楊音以下都封為列卿。當然，實權都掌握在樊崇的手中，這徐宣雖然官居丞相，不過是拜樊崇不識字所賜。
樊崇的心結一解開，攻取長安的計劃便開始著手施行了。開始之時，赤眉軍還受到李松、趙萌、王匡、陳牧等人的頑強狙擊，首次接戰(zhàn)不利。但是不久，長安就禍起蕭墻，內亂不止。樊崇則在這期間率領赤眉軍主力掃蕩關中北部各縣，大肆掠奪糧食、輜重和財寶。九月，率領赤眉南下的樊崇在高陵大路旁邊，意外地遇到了王匡、張卬等更始叛將，他們紛紛跪下，向自己乞降，樊崇自然大喜過望。
不久，流民軍數十萬大軍齊集長安東都門外，不久便破城而入。可惜劉玄早就望風逃遁。樊崇急忙下令，追殺劉玄斬草除根。而此時的長安城內，也已經亂作一團。士兵們到此，在宵小將領的帶領下，四處奔馳。不僅老百姓的身家性命得不到保全，就連更始官署都會遭遇大難。連劉秀的養(yǎng)父都差點死于亂軍刀下，幸好最終為將領楊音所救。在楊音的秘密幫助之下，劉良率領家眷東逃，趕到洛陽去投奔劉秀。楊音也因為立下此次功勛，在赤眉兵敗之后，非但沒有受到責罰，反而為之拜將封侯。無獨有偶，天下諸侯之中，如楊音這樣良心未泯之人，倒是大有人在。其中，劉玄的部下趙熹就是這樣一個典型，他千里送京娘，將劉氏一門宗親子弟的妻子、兒女、母親等親人悉數保全，從長安送到南陽，讓劉秀大為感激。而趙熹則從此退隱江湖、不問世事。直到二十五年之后，才被劉秀所知曉，劉秀一死，漢明帝劉莊繼位，趙熹變成了輔佐他的重臣，成就一代名相的偉業(yè)。