桓玄金蟬脫殼，臨陣脫逃，去往江陵避難。荊州刺史桓石康深受桓玄寵信，見桓玄一伙兒來投靠自己，慌忙于城南搭起帳篷，暫設(shè)百官，還以卞范之為尚書仆射?；感突甘狄黄?，聯(lián)合雙方的人馬，重整旗鼓，短時(shí)間就收羅了數(shù)萬人馬。
桓玄跑了，但桓氏人多勢(shì)眾，以桓玄為代表的勢(shì)力隨時(shí)都有可能興風(fēng)作浪。劉裕不敢怠慢，讓劉毅、何無忌、劉道規(guī)、下邳太守孟懷玉等率眾尾隨乘勝追殺桓玄。
五月中旬，雙方在一個(gè)叫崢嶸洲的地方遭遇。冠軍將軍劉毅等兵馬才不滿萬人，眾寡懸殊，大家都有點(diǎn)害怕，想要退回駐地潯陽。
振武將軍劉道規(guī)大聲說：“桓玄是個(gè)外強(qiáng)中干的人，現(xiàn)在剛打了敗仗，士氣低落，我們不必害怕。官渡之戰(zhàn)曹操就是用少數(shù)人戰(zhàn)勝了袁紹的多數(shù)人，人數(shù)多少不是關(guān)鍵，狹路相逢勇者勝！”說完，劉道規(guī)指揮本部人馬朝桓玄所在的戰(zhàn)船猛沖過去，劉毅等人看到劉道規(guī)率先沖入，來不及多想，也都揮軍跟進(jìn)。
桓玄是個(gè)性格軟弱，遇事游移不定的人，還沒開打就盤算著一旦失敗，自己如何脫逃。他在自己的戰(zhàn)艦旁邊系著一艘快艇，隨時(shí)準(zhǔn)備脫逃。將士看到主帥如此，個(gè)個(gè)無心戀戰(zhàn)。
正在這時(shí)，起了大風(fēng)。劉毅等人趁著風(fēng)勢(shì)，放火焚燒對(duì)方的戰(zhàn)船，桓玄人馬亂作一團(tuán)，相互踩踏死傷無數(shù)。劉道規(guī)帶領(lǐng)將士個(gè)個(gè)奮勇殺敵?；赋能婈?duì)大敗?；感铝畎褞Р蛔叩妮w重統(tǒng)統(tǒng)燒掉，然后趁著夜色掩護(hù)，匆匆往西逃走。
劉懷肅經(jīng)劉裕推薦最初任劉牢之的兒子劉敬宣的司馬，在東征孫恩時(shí)立下戰(zhàn)功，被任命為費(fèi)縣縣令。他得知?jiǎng)⒃Ｔ诰┛谄鸨南?，就棄去縣令之職投奔劉裕。占領(lǐng)建康后，振武將軍劉道規(guī)奉命追討桓玄，用劉懷肅做他的司馬。
劉道規(guī)出征時(shí)，劉懷肅負(fù)責(zé)留守潯陽。在雙方交戰(zhàn)時(shí)，桓玄手下劉統(tǒng)、馮稚等帶領(lǐng)四百人趁虛而入，攻破了潯陽城。劉懷肅臨危不亂，手執(zhí)長(zhǎng)矛，一馬當(dāng)先，帶人奮起反抗，把來犯之?dāng)扯枷麥缌藗€(gè)一干二凈，保障了劉毅軍團(tuán)的后防穩(wěn)固。
桓玄逃跑時(shí)，還沒忘了挾持被廢的皇帝司馬德宗。由于快艇運(yùn)力有限，便把永安何皇后（司馬聃的皇后）及王皇后（司馬德宗的皇后）都留在了巴陵（湖南岳陽）。
但桓玄慌亂之際，沒忘記把殷仲文也叫上船，要和他一起走。殷仲文說：“我是不是應(yīng)該乘另一艘船再拉些走散的人員為好？”桓玄答應(yīng)了。誰知殷仲文卻帶著兩位皇后奔夏口方向去了。
這個(gè)殷仲文曾經(jīng)做過司馬道子的參軍，做過司馬元顯的長(zhǎng)史，是大將軍桓溫的女婿，桓玄的姐夫。在桓玄沒占領(lǐng)建康時(shí)，他做新安太守，和桓玄關(guān)系一般。看著桓玄扶搖直上了，才投奔他。桓玄非常高興，讓他做諮議參軍。對(duì)他比王謐還親近，比卞范之還禮遇，后來又讓他做侍中，領(lǐng)左衛(wèi)將軍，就連桓玄加九錫的文告也是他撰寫的。而他卻恃寵而驕，貪污受賄，家累千金，吃穿用度無比奢華，養(yǎng)了數(shù)十房伎妾，每天鶯歌燕舞，通宵達(dá)旦，醉生夢(mèng)死。而今在生死存亡的關(guān)鍵時(shí)刻，他卻背叛了桓玄，領(lǐng)著皇室家眷邀功領(lǐng)賞去了。
不久，桓玄的船入江陵（荊州）。鎮(zhèn)東將軍馮該說：“劉毅兵少將寡，不足為懼，剛剛打了勝仗一定志得意滿。我們應(yīng)該重整旗鼓，再打回去，他一定猝不及防，必?cái)o疑。”
桓玄被嚇壞了，什么話都聽不進(jìn)去。他要離開這幫亡命徒，想要奔漢中，投奔梁洲刺史桓希。但大家對(duì)他已經(jīng)失望至極，無心跟他長(zhǎng)途跋涉再遭罪了。
屯騎校尉毛修之，是毛璩弟弟的兒子，看這情況說道：“漢中路途遙遠(yuǎn)，又不能坐船，不如去蜀地?！边@話桓玄聽進(jìn)去了。
碰巧是毛璩的弟弟寧州刺史毛璠死了。毛璩派他哥哥的孫子毛祐之及參軍費(fèi)恬率數(shù)百人，送毛璠的靈柩回江陵，與桓玄在枚回洲相遇的。一看是桓玄的戰(zhàn)船，毛祐之、費(fèi)恬二話沒說，即刻下令弓箭手放箭。桓玄寵嬖的丁仙期、萬蓋急忙以身體遮蔽桓玄，都被射成了馬蜂窩?；感?fù)傷帶箭逃走。
半路又被益州督護(hù)馮遷攔住去路。馮遷抽刀逼近，要?dú)⒒感感蠛鹊溃骸按竽懣裢?，竟敢弒殺天子？！”說著拔下頭上固定發(fā)髻的玉導(dǎo)遞給他，求他放自己一馬。
馮遷哈哈一笑說：“哪里是什么天子？！最多是個(gè)欺世盜名竊取皇權(quán)的小偷罷了?！庇谑鞘痔岬堵鋽鼗感氖准?jí)，這一年桓玄才36歲?；甘档仁乃雷冯S桓玄的將領(lǐng)也被殺死。
擺脫了桓玄的控制，司馬德宗被荊州別駕王康產(chǎn)安置到南郡郡府官舍，太守王騰之率文武官員擔(dān)任侍衛(wèi)。皇帝司馬德宗時(shí)隔五個(gè)月又在江陵復(fù)辟了。
司馬德宗從396年11月繼位，皇權(quán)旁落，受司馬道子父子挾制。
397年，兗州刺史王恭和豫州刺史庾楷因?qū)ι袝笃蜕渫鯂鴮毜炔粷M而領(lǐng)兵造反。398年，王恭、庾楷協(xié)同荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄等再次謀反。接下來就是持續(xù)多年的五斗米道孫恩起義。
402年，桓玄自江陵起兵攻入建康，廢殺司馬道子、元顯父子，自封為丞相、太尉。從此成為東晉的統(tǒng)治者。最后于404年1月篡位稱帝，把自己降為平固王，打發(fā)到潯陽。可以說沒過上一天安生日子。直到6月，桓玄被殺，自己又糊里糊涂復(fù)了位。這一切的一切都是因?yàn)樽约荷?，傻得貴為皇帝卻不能主宰自己的命運(yùn)。
毛修之因?yàn)閯裾f桓玄入蜀有功，被封為驍騎將軍?；感膬鹤硬虐藲q，被押回江陵處斬。除桓家人外，所有被“脅迫”參加了桓楚偽政權(quán)的各級(jí)官員一律赦免。
同時(shí)桓玄的人頭被送給正在西進(jìn)的劉毅，劉毅將它驗(yàn)明正身后送往建康，懸掛在朱雀橋上示眾。短暫的桓楚王朝貌似結(jié)束了。