丁魁壽在崇禎末年到弘光建立時(shí)一直管轄兩廣地區(qū)。兩廣地處大陸最南，地理?xiàng)l件又十分好，經(jīng)濟(jì)富庶自然是擁有雄厚的士兵，割據(jù)一方也是非常輕松的。然而，丁魁楚對(duì)于地利的認(rèn)識(shí)卻不同。然而他卻胸?zé)o大志，日以享樂為事。他派水師到肇慶附近的羚羊峽，放干河水，在斧柯山下的老坑取硯石。行政用人方面，也是弊端叢生，“將吏以賄為進(jìn)退”。當(dāng)鄭家被光化帝收復(fù)以后，他知道下一個(gè)就是他了，但他經(jīng)營多年，并不想這么輕易的交出自己的地盤。所以他打算繼續(xù)拿假太子說事，以“立賢立親”為由擁立桂王朱由榔，以廣州府署為行宮，稱號(hào)永歷，丁魁壽由于兩廣總督的地位和擁立之功，被朱由榔任命為首輔。但兩廣的官員并不是都服從他，在瞿式耜認(rèn)為崇禎皇帝的兒子朱慈烺才是正統(tǒng)，另立新帝就是背叛大明，于理不合，盡管瞿式耜早就知道丁魁楚包藏禍心，但苦于實(shí)力差距太大，只能默默忍耐，私下里早就通過錦衣衛(wèi)與光化帝取得了聯(lián)系。
光化帝原本計(jì)劃聯(lián)系上瞿式耜，就讓他直接去南京任命，畢竟現(xiàn)在他的身邊忠誠又有能力的人非常少。瞿式耜覺得丁魁楚一直在招兵買馬擴(kuò)充實(shí)力，遲早會(huì)是朝廷的大敵。他身在廣西桂林，廣西地形山重水復(fù)，進(jìn)可以攻，退可以守，是舉足輕重的戰(zhàn)略要地，未來一旦丁魁壽反叛朝廷，他就能從背后堵住丁魁楚的退路，在聯(lián)合朝廷一起夾擊。
光化帝朱慈烺在剛剛收復(fù)了福建地區(qū)，只休整了十天，一收到丁魁壽擁立桂王朱由榔的消息，立馬寫了一份檄文，大罵：
丁魁壽在我父皇自縊于煤山后，不想著匡扶大明江山社稷，反而擁兵自重，甚至立偽王，是可忍孰不可忍，辜負(fù)了父皇對(duì)他的信任，任命他為兩廣總督，他卻用作私心，整天飲酒作樂，魚肉百姓，讓我大明子民處于水深火熱之中。丁魁壽罪大惡極，朕作為大明皇帝，對(duì)丁魁壽發(fā)布討伐令，凡參與誅殺丁魁壽的人皆有賞賜。
在當(dāng)年八月份，光化帝發(fā)兵十萬陳子龍帶兵從潮州出發(fā)進(jìn)攻惠州，何騰蛟帶兵五萬從郴州出發(fā)進(jìn)攻梧州和肇慶，另外派錦衣衛(wèi)聯(lián)系鎮(zhèn)守云南、貴州的沐王府沐波帶三萬人從昆明出發(fā)與瞿式耜在桂林兵進(jìn)攻雷州、高州。由于丁魁壽被三路包圍要處處設(shè)防，雖然在兩廣經(jīng)營多年，已經(jīng)擴(kuò)張到十二萬大軍，但是隨著瞿式耜在廣西突然跟朝廷一起去進(jìn)攻他，分走了他的兩萬多人，廣東西面的防守出現(xiàn)了巨大的空缺，他不得不收緊防線，把所有的軍隊(duì)全部聚集到廣州府，打算跟朝廷的軍隊(duì)大消耗戰(zhàn)，這也讓朝廷的三路大軍進(jìn)攻勢如破竹，一路上并沒有遇到什么抵抗，便收復(fù)了大半個(gè)廣東。
丁魁壽被光化帝的十五萬軍隊(duì)圍困在廣州，但在他看來廣州城高兵多，城里的物資也非常充沛，他完全有信心抵擋一年以上，甚至更久的時(shí)間也不在話下，當(dāng)然路都被封死了，完全沒有逃生的希望，眼下最好的辦法就是與朝廷達(dá)成和議。他想著是自己任然有近十萬的軍隊(duì)，完全有資格跟光化帝進(jìn)行公平談判，他愿意廢了桂王朱由榔，除廣州以外的地盤全部交由朝廷管轄，只要朝廷能放過他，讓他做個(gè)廣州知府就行，他愿意立馬投降。光化帝在看了兵部尚書陳子龍寄來的丁魁壽投降信以后，直接回復(fù)到丁魁壽必須全部的兵權(quán)，沒有任何討價(jià)還價(jià)的余地，朕只能答應(yīng)保他全家的性命無礙，任何背叛大明的人不得在朝中任職，如果拒不投降，一旦城破就再也不接受投降，滅九族。
在丁魁壽得到光化帝的回復(fù)以后，頓時(shí)心如死灰，眼下最好的辦法就是拼死抵抗，只要他撐的越久，死的人越多，他就能有更多的底氣去為自己謀求一線生機(jī)。廣州城在他幾年的經(jīng)營下鞏固的堅(jiān)固，以陳子龍帶的大炮無法對(duì)廣州城墻造成嚴(yán)重的破壞，當(dāng)天的進(jìn)攻損失慘重，損失了五千多人也未能占據(jù)一處城墻，每個(gè)城墻內(nèi)又設(shè)有女墻，時(shí)不時(shí)的打黑槍，剛登上城墻的士兵，立馬就被四面八方的弓箭和鳥銃給打死，后面的士兵再也不敢沖到城墻上。陳子龍不得不在中午的時(shí)候讓士兵撤回去，將眼下的進(jìn)攻不利的消息匯報(bào)給光化帝。光化帝就住在福州府，收到了不好的信息，立馬讓錦衣衛(wèi)通知陳子龍每天向城內(nèi)發(fā)射數(shù)以千計(jì)的箭矢，并在劍上幫著信，信上寫著投降不殺以及朝廷只殺賊首丁魁壽的字樣，城內(nèi)早在光化帝南下的時(shí)候就讓方元科聯(lián)系駐守的錦衣衛(wèi)在需要的時(shí)候制造一些混亂，此時(shí)廣州城內(nèi)的錦衣衛(wèi)在看到朝廷的來信以后，便偷摸著在軍隊(duì)亦或者百姓聚集的地方做起了翻譯，畢竟那時(shí)候的人大多不識(shí)字，喬裝打扮的錦衣衛(wèi)甚至在丁魁壽大肆擴(kuò)軍的時(shí)候就混到了軍隊(duì)中，發(fā)布謠言自然也輕輕松松。
到了第二天，大部分的士兵在知道朝廷不會(huì)亂殺無辜以后，丁魁壽的士兵都不愿意頂在城墻的最外邊，都紛紛后縮，即使丁魁壽把多年積攢的財(cái)物全部放給他們，即使帶著親衛(wèi)在后面監(jiān)視著也無濟(jì)于事，龜縮在城里毫無逃生的希望，士兵自然也不會(huì)給他賣命。此時(shí)的丁魁壽急的不行，在這么下去要完蛋，現(xiàn)在他只有兩種選擇，一種是開城投降，相信皇帝所謂的留他一命，另一種是乘著城破的時(shí)候換成百姓的衣服逃出城外。丁魁壽想著自己再不濟(jì)也是做了那么年的兩廣總督，自己的人脈和能力不管投奔誰，都有立足之地，落在皇帝手里肯定活不了了。于是下定決心，立馬跟身邊的幾個(gè)親信說好各自帶一部分財(cái)物，提前混到混亂不堪的百姓里面，當(dāng)然這一切都被錦衣衛(wèi)看在眼里。在丁魁壽只想著逃命以后，廣州城只三天便被攻破了，幾個(gè)錦衣衛(wèi)偷偷的跟在了他的后面，剛出城門就被殺了，這幾個(gè)錦衣衛(wèi)都被賞賜百金，官升一級(jí)。