劉備死后，劉禪封諸葛亮為武鄉(xiāng)侯，設(shè)立丞相府署，讓諸葛亮自選僚屬，全權(quán)處理國事。不久，又讓諸葛亮兼任益州牧。朝中政事無巨細，都由諸葛亮一人裁決。諸葛亮從此開始了主政生涯
其時南方幾郡同時起兵叛亂，諸葛亮考慮到新遭國喪，故此不便派兵鎮(zhèn)壓，且派遣使者訪問吳國，加強與吳國的親善友好關(guān)系，于是兩國結(jié)為盟國。
建興三年諸葛亮率軍南征，到秋天南方叛亂被徹底平定。諸葛亮南征是主政之后第一次大規(guī)模用兵，可是這時候的蜀國其實其實兵馬并不多，所以諸葛亮根據(jù)實際情況采取攻心的策略。再次最著名的就是七擒七縱，諸葛亮來到南中不斷取得勝利，而且俘虜了孟獲，孟獲是被當?shù)厣贁?shù)民族和漢人所敬仰的人。
諸葛亮就放了孟獲，讓他軍營中參觀，問孟獲：“我的營寨怎么樣?！?p> 孟獲說：“我以前不知道虛實，如果知道虛實，一定容易勝?！?p> 諸葛亮笑著放走孟獲，總共七次，諸葛亮還要放走孟獲，孟獲才服輸答應(yīng)不造反。沒有寫明這些仗都是怎么打的，但是從這里可以看出諸葛亮心胸和韜略。從諸葛亮出師表中五月渡瀘深入不毛這一句說明其實勝利并不容易。
諸葛亮給這些少數(shù)民族帶來耕種和織布的技術(shù)，為民族融合做出一定貢獻，不過軍費由這些地區(qū)承擔，也帶來了一定的負擔。這次南征解決后顧之憂，而且沒有任用官員，讓當?shù)厝俗约褐卫怼Ｒ院筮@里沒有出現(xiàn)大規(guī)模反叛，可見諸葛亮政策有一定效果。
南征回來諸葛亮訓(xùn)練兵馬，準備北伐。寫下著名的出師表
現(xiàn)在天下一分為三，而我蜀漢國力困乏，確實處在生死存亡的危急時刻。
然而宮中侍衛(wèi)近臣勤奮不懈，前方忠誠將士忘死舍生，只是追念先帝在世時對他們的恩榮，想轉(zhuǎn)用來報答陛下。
陛下確實應(yīng)該廣開言路，兼聽各方意見，以繼承光大先帝的美德，振奮仁人志士的精神，不可妄自菲薄，談吐不顧原則，以致阻塞臣民忠心勸諫的言路。
宮廷與官府是一個整體，賞罰褒貶，一視同仁。
如果有作惡犯法或行善盡忠的人和事，都應(yīng)該交給有關(guān)主管官員判定對他們的懲處或嘉賞，以顯示陛下的公正嚴明，不可偏見行私，使宮廷內(nèi)外的法度有所不同。
侍中、侍郎郭攸之、費祎、董允等，都是忠良誠實之人，他們的心志思想忠誠純潔，所以先帝選拔他們留給陛下任用。
臣下認為宮廷中的事情，無論大小，都可以同他們商量，然后施行，這樣定能補偏救缺，收到集思廣益的成效。
將軍向?qū)?，言行公正、性情和善，精曉軍事，以前先帝曾予試用，稱贊他是有才有能之人，因此大家商議推舉他擔任中都督。
臣下認為軍中之事，都可先與他商議，這樣定能使軍內(nèi)和睦、進退配合，將卒配備得當。
親近賢臣、疏遠小人，這就是前漢興盛強大的主要原因;親近小人，疏遠賢臣，這就是后漢衰弱頹敗的重要禍根。
先帝在世時，常常與臣談?wù)摯耸?，沒有一次不為桓、靈二帝嘆息痛心。
侍中郭攸之、費祎尚書陳震、長史張裔、參軍蔣琬，這都是忠誠可靠、誓死守節(jié)的賢臣，希望陛下親近他們、信任他們，這樣興盛漢室就指日可待了。
“臣下本是普通百姓，自己耕食于南陽，只求在亂世中茍全性命，不求在諸侯手下做官揚名。
先帝不嫌臣下卑賤淺陋，屈駕親謁，三顧茅廬求訪微臣，向臣下詢問天下大事，臣因此感激不已，便答允為先帝奔走效勞。
后來遇上軍事失利，臣受任于敗軍之際、奉命于危難之間，自是至今已是二十一年了。
先帝深知臣為事謹慎，所以在臨終前將國家大事托付給臣。
臣自接受遺命以來，日夜愁慮嘆息，惟恐所托之事不能收到成效，以至損傷先帝知人之明，因而五月渡過瀘水，率軍深入不毛之地。
如今南方已被平定，兵力戰(zhàn)具準備充足，應(yīng)該鼓勵督領(lǐng)全軍，北定中原，竭盡自己的平庸才能，鏟除兇險奸惡的敵人，興復(fù)漢室，使國都能返遷洛陽。
這即是臣下用來報答先帝、效忠陛下的職責!“至于權(quán)衡國事、進獻忠言，此乃郭攸之、費祎、董允的責任。
希望陛下將討伐奸賊、復(fù)興漢室的任務(wù)交付臣下，討伐無成績，則治臣之罪，以告先帝在天之靈。
如果沒有勸勉陛下發(fā)揚德行之忠言，則追究郭攸之、費祎、董允等怠慢失職之過。
陛下也應(yīng)當自我多加深思，向群臣征詢治國良策，明鑒和采納正確的意見，牢記先帝在遺詔中的告誡。
這樣臣下就受恩非淺、感激至深。
現(xiàn)在為臣即將遠離陛下，起草此表，淚如雨下，不知所言是否得當。”
其實出師表大家熟悉，都說諸葛亮沒有選拔人才，蜀國無人才是諸葛亮造成的顯然不是事實，諸葛亮在世的時候，選拔出很多人才，比如繼任者蔣琬，費祎，魏國降將姜維這些都是諸葛亮選拔，這些人才至少支撐諸葛亮死后，二十幾年蜀國江山。說諸葛亮嫉賢妒能顯然是不符合事實的。
諸葛亮親自攻打祁山軍容整齊，賞懲肅嚴，號令分明，南安、天水、安定三郡叛魏歸蜀，一時間整個關(guān)中地區(qū)震動驚懼。取得一定的成功，諸葛亮任用馬謖在街亭敗給張頜，雖然是馬謖不聽調(diào)動，但是諸葛亮是有責任的。
諸葛亮遷移西縣百姓千余戶，退軍漢中，處死馬謖，向全軍承認錯誤，并向后主上奏說:“臣下以淺薄的才能，擔當了不能勝任的職務(wù)，親自領(lǐng)受君令和所賜錦旗斧鉞以激勵三軍，卻未能按照規(guī)章、嚴明軍紀，面臨大事而猶豫決策，以致發(fā)生了街亭違背軍令的錯誤，箕谷發(fā)兵失于處事不謹慎，其責任都由于為臣用人不當。
臣下既無知人之明，考慮問題又多有糊涂之處，依據(jù)《春秋》軍事失利先罰主帥的典則，此次戰(zhàn)爭失誤的主要責任在臣。自請降職三級，以罰過錯?！庇谑呛笾鞲娜沃T葛亮為右將軍，代行丞相事，仍如以前一樣總管全國軍政。
這次征伐是諸葛亮最接近成功的一次，因為魏國沒有想到，諸葛亮會去攻打魏國，諸葛亮斬了馬謖，而且自己自請降職。
當時就有人覺得諸葛亮不該斬馬謖，可是諸葛亮一向公正嚴明，諸葛亮當時并沒有孩子，就請求諸葛瑾把諸葛喬給自己做兒子，諸葛亮很喜愛他，但還是讓他參加艱苦的運糧工作，其實諸葛亮做什么事情都是以身作則，殺馬謖也是這樣，從來不包庇親近的人，而諸葛亮降職，雖然實際職務(wù)和從前一樣，但諸葛亮沒有推脫過錯，其實人都是這樣看見別人錯誤容易，看見自己錯誤難，認錯更難?？床懿倜鎸﹀e誤時知錯，改錯，但是從不認錯，可見認錯其實相對來說更難。
后來諸葛亮在這年的冬天又出
征都來得快去的也快，是糧草不濟而撤退，糧草是限制諸葛亮的主要因素，但是在撤退時候斬殺了王雙。
整體上沒有成功，有小的勝利。
229諸葛亮派遣陳式領(lǐng)兵攻打武都、陰平。魏國雍州刺史郭淮率領(lǐng)眾軍準備攻打陳式，諸葛亮親自領(lǐng)兵進取建威，郭淮只得退守雍州，諸葛亮于是平定武都、陰平二郡。取得了小的成功。但成就并不大。
諸葛亮吸取教訓(xùn)在231年再次兵出祁山，用木牛運送物資，這次準備充分，可是卻遇到了司馬懿，司馬懿是諸葛亮一生最大的敵人，這次雖然是兩人正式交手，可在這之前就有過智謀的碰撞，比如諸葛亮想策反孟達，可是被司馬懿察覺，迅速剿滅孟達。
而這次交手，司馬懿的策略很簡單就是不交戰(zhàn)，堅守不出，諸葛亮被迫撤退，撤軍部隊不散其實并不容易，因為容易被追殺。可是諸葛亮做了嚴密防守。
根據(jù)魏略中記載司馬懿派張頜去追，張頜對司馬懿說：“兵法上說圍城一定要留出一條路，回去的敵人不要追趕。司馬懿不聽。張頜不得已追擊中了諸葛亮的埋伏，亂箭穿身。這是魏略當中的記載，
根據(jù)三國志諸葛亮傳的記載根本看不出與諸葛亮交手的是司馬懿，而是張頜。為什么會這樣三國志的作者陳壽是蜀國人，后來歸降于晉朝，而司馬懿是晉朝的奠基者，所以有些話不方便說，其實陳壽的父親因為觸犯軍法被諸葛亮處置了，有人說是殺了，有人說是關(guān)進牢獄。
但陳壽還能相對公正的為諸葛亮做傳，拋開私人恩怨，只從歷史的角度，國家的角度去寫已經(jīng)很不簡單了。其實陳壽為諸葛亮做傳記已經(jīng)冒了很大風險。所以陳壽也是了不起的。
諸葛亮回到蜀國后沒多久再次出兵，也是最后一次，縱觀諸葛亮這幾次出兵第一次時機很好，但用人失誤，其他幾次因為缺少糧草，小勝而回，也可以說沒有實現(xiàn)目標。